Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 IL17RA-204ENST00000612619 8506 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CASQ1-201ENST00000368078 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 GOLGA8H-201ENST00000566740 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 GOLGA8J-201ENST00000567927 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SIDT1-201ENST00000264852 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TMEM5-205ENST00000537373 1966 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 IRF8-201ENST00000268638 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AATBC-201ENST00000400385 4598 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CCHCR1-208ENST00000451521 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 COPS3-201ENST00000268717 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SYTL3-205ENST00000611299 2896 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 MRPS17-201ENST00000285298 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 RTEL1-203ENST00000360203 4623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 UCK1-203ENST00000372211 2114 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 HTR3A-202ENST00000355556 2331 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 ANKMY1-203ENST00000373318 2449 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 NUDT16-202ENST00000521288 6108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 OSBPL5-210ENST00000525498 2733 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AMPD2-218ENST00000528454 2728 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 ELF2-202ENST00000379549 3005 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 UBC-205ENST00000536769 3745 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TAS2R41-201ENST00000408916 924 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC096536.1-201ENST00000443284 440 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 RHBDL2-203ENST00000540558 697 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC090607.3-202ENST00000558971 383 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC025181.2-201ENST00000606994 802 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TEX28P1-201ENST00000613479 1221 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TEX28P2-201ENST00000617764 1221 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC110491.3-201ENST00000631985 460 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 C11orf53-203ENST00000637637 1049 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CDIP1-206ENST00000563507 1463 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 MGMT-201ENST00000306010 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 HARS-205ENST00000457527 1896 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AUTS2-217ENST00000611706 4583 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 ARPP19-202ENST00000561650 3245 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 MED16-203ENST00000325464 2922 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 PHLDB2-203ENST00000412622 5996 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC138969.2-201ENST00000532739 9932 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TEKT4-201ENST00000295201 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 MYOZ1-201ENST00000359322 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TNRC18-203ENST00000399537 10572 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TNRC18-205ENST00000430969 10562 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC002310.1-201ENST00000457283 1445 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC245052.4-201ENST00000452097 4158 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 E2F6-212ENST00000546212 3191 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 MFSD13A-201ENST00000238936 2852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 VWA7-201ENST00000375688 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 ZBTB17-201ENST00000375733 2770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SCAMP4-202ENST00000409472 2394 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 HVCN1-202ENST00000356742 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 ASAP1-202ENST00000518721 5507 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SLC2A4-204ENST00000571308 1768 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SNX30-201ENST00000374232 7622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 PBX3-203ENST00000373487 2902 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TP73-209ENST00000603362 1668 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC068946.1-202ENST00000318673 2745 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TARBP2-203ENST00000456234 1368 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 ARAP1-203ENST00000393605 4778 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 RAD18-204ENST00000418463 563 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 RAD18-205ENST00000421052 582 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 KRT18P43-201ENST00000469825 1281 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 RN7SL618P-201ENST00000477850 296 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 LINC01775-201ENST00000587826 371 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TBCB-211ENST00000589996 724 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC010336.3-201ENST00000597156 667 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 LINC00207-204ENST00000605505 666 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC074044.1-201ENST00000609673 707 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AL138828.2-201ENST00000615812 383 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC105277.1-203ENST00000635492 1293 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AL359644.1-202ENST00000637541 571 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CENPO-202ENST00000380834 4386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 GRK6-203ENST00000393576 2792 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 REXO1L4P-201ENST00000605109 1937 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 PPARGC1B-203ENST00000394320 4803 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 ATP6V1B1-202ENST00000412314 1805 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 MGRN1-206ENST00000586183 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 MAPK7-202ENST00000308406 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 ATP6V0D1-201ENST00000290949 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 DNAJC27-201ENST00000264711 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 C3orf62-201ENST00000343010 4235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 NUDT4-201ENST00000337179 9753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 WFIKKN2-202ENST00000426127 2193 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AL121723.1-201ENST00000445194 1519 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SLC39A1-204ENST00000368623 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SNX11-202ENST00000393405 2733 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 PXYLP1-201ENST00000286353 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC026748.1-201ENST00000624349 3251 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 119.4 ms