Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 ZNF398-203ENST00000483892 2121 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 TPO-215ENST00000539820 1157 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC078819.1-201ENST00000547454 765 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC012085.1-201ENST00000548270 765 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC120498.1-201ENST00000563593 476 ntTSL 4 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 DMAC2-208ENST00000589970 979 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 DMAC2-215ENST00000597457 492 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC145423.3-201ENST00000615987 467 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 TRAPPC11-202ENST00000357207 4435 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 SOX30-202ENST00000311371 2716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC068831.3-201ENST00000553321 1858 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 GABRA5-202ENST00000355395 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 KCP-208ENST00000620378 4515 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 WDR97-201ENST00000323662 6916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 TSNARE1-201ENST00000307180 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 WARS-232ENST00000556645 2508 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 PKP4-AS1-203ENST00000629904 1951 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 PRDM6-201ENST00000407847 9267 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 ZNF767P-201ENST00000463567 3520 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 PBX1-219ENST00000560641 3225 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 ARHGEF1-204ENST00000378152 2986 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 CYP2R1-207ENST00000532378 1746 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 GHDC-201ENST00000301671 2650 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 SATB2-206ENST00000457245 2656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 CCDC6-201ENST00000263102 5811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 SRCIN1-215ENST00000621492 4644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 ZXDA-201ENST00000358697 4113 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 GFOD1-206ENST00000612338 2481 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 LARP6-201ENST00000299213 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 CASK-202ENST00000378158 3848 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 HYAL1-201ENST00000266031 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 CCDC8-201ENST00000307522 3213 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 CBARP-204ENST00000590083 4261 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 ATP6V0E2-212ENST00000611515 2565 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 PRAL-201ENST00000624952 3286 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 TUBB-206ENST00000330914 2632 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 ROR2-202ENST00000375715 2993 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AFTPH-201ENST00000238855 4113 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 RAD23B-201ENST00000358015 4119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 PQBP1-201ENST00000218224 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 PQBP1-202ENST00000247140 664 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AL022323.1-201ENST00000366110 957 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 HIST3H3-201ENST00000366696 481 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 TREM2-203ENST00000373122 1012 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 PQBP1-203ENST00000376563 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 PQBP1-204ENST00000376566 760 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 PQBP1-205ENST00000396763 965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AL445430.1-201ENST00000419796 699 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 EPDR1-203ENST00000425345 947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC128709.2-201ENST00000438408 558 ntTSL 4 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 PQBP1-207ENST00000447146 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 CHIA-209ENST00000483391 1188 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 SEPT7P9-202ENST00000489259 743 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC084859.1-201ENST00000533002 670 ntTSL 4 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC012645.3-203ENST00000567153 520 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 RETN-203ENST00000629642 400 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC093326.2-201ENST00000640770 729 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC067930.6-201ENST00000623257 4947 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 MGAT1-201ENST00000307826 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 PPP2CA-203ENST00000481195 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 STK4-AS1-201ENST00000434401 2065 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 SYNM-201ENST00000328642 3960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 SLC2A13-201ENST00000280871 7003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 ST7L-207ENST00000369669 1743 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 SNAP47-AS1-201ENST00000413347 1708 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 PRKD2-214ENST00000600194 2923 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 ZNF131-214ENST00000509634 3340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 DGAT1-206ENST00000528718 3711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 CTSD-207ENST00000636571 1790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 PCDHGB2-202ENST00000622527 2588 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 HDAC5-202ENST00000336057 5040 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC126177.1-201ENST00000547829 2218 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 CUL3-201ENST00000264414 6741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 GAS2L2-201ENST00000604063 2661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 KANK2-201ENST00000586659 5162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 ACTL8-201ENST00000375406 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 FES-204ENST00000414248 2327 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 MYOC-201ENST00000037502 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 CACNA2D2-203ENST00000423994 5329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 ITPKB-201ENST00000272117 5822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 CDH6-205ENST00000514738 2569 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 TP73-209ENST00000603362 1668 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 MTHFD1L-203ENST00000367321 3604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 GINS2-201ENST00000253462 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 CBX3-203ENST00000409747 1717 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 ELAVL3-201ENST00000359227 4729 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 CYTL1-201ENST00000307746 1003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 LSM10-201ENST00000315732 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 BEX5-201ENST00000333643 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 WDR3-202ENST00000369441 1035 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 IGLV4-69-201ENST00000390282 419 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 AC127070.2-201ENST00000424075 555 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 FGF13-204ENST00000436198 1165 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USP39Q53GS9 TNFRSF14-AS1-206ENST00000452793 569 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.6 ms