Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 ADCY2-201ENST00000338316 6575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 PPP1R16A-201ENST00000292539 2722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 IMPDH1P4-201ENST00000445028 1534 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 TSC22D1-211ENST00000501704 4026 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 MPP6-201ENST00000222644 8452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 CFLAR-205ENST00000342795 1613 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 ASAH1-221ENST00000636128 1608 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 AP004608.1-203ENST00000528482 3679 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 GCLM-204ENST00000615724 3008 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 MTHFR-210ENST00000641407 2387 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 C2orf68-202ENST00000409734 1722 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 WDR1-203ENST00000382452 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 MRPS17-201ENST00000285298 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 BIRC2-214ENST00000621637 3331 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 IL9R-201ENST00000244174 1944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 SUCO-204ENST00000608151 5790 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 DIS3-202ENST00000377780 5232 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 USE1-201ENST00000263897 843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 VMA21-202ENST00000370361 693 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 PTGES3-205ENST00000456859 957 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 AC106872.10-201ENST00000503778 747 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 AL139349.1-201ENST00000530479 577 ntTSL 4 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 BRK1-201ENST00000530758 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 AQP6-203ENST00000551733 849 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 LAT-209ENST00000564277 921 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 LINC01775-201ENST00000587826 371 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 PCDHGC4-204ENST00000618371 812 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 AL590560.3-201ENST00000623350 461 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 ALDOA-228ENST00000627059 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 LIN9-201ENST00000328205 3567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 TAF11-201ENST00000361288 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 WSCD1-208ENST00000573634 1573 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 FGD5-AS1-202ENST00000424349 3792 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 PITX2-204ENST00000394595 1693 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 TRMT2B-201ENST00000372935 2921 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 CEP131-203ENST00000450824 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 PHLDB1-223ENST00000600882 5479 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 UNKL-201ENST00000248104 4320 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 AC021683.3-202ENST00000592572 4440 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 SAFB2-201ENST00000252542 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 PATZ1-202ENST00000266269 3781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
LIG1P18858 ZFPM2-206ENST00000520492 3960 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 MYOZ1-201ENST00000359322 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 DDX19B-203ENST00000393657 1717 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 ATP6V1B1-202ENST00000412314 1805 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 MUC20-201ENST00000320736 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 ZNF165-201ENST00000377325 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 LDLR-202ENST00000455727 2333 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 GPAT3-201ENST00000264409 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 CICP4-201ENST00000447359 2812 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 SLC40A1-201ENST00000261024 3442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 SHH-201ENST00000297261 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 SLC30A5-209ENST00000621204 3999 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 KLHDC8A-202ENST00000367156 3177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 FERMT3-201ENST00000279227 2489 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 FERMT3-202ENST00000345728 2481 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 EYA4-205ENST00000430974 2364 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 AC097359.2-201ENST00000604992 2389 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 SF3B4-201ENST00000271628 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 CHEK2-204ENST00000382580 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 CCDC6-201ENST00000263102 5811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 USP37-202ENST00000338465 1771 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 IL11RA-215ENST00000602473 1388 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 AC007405.3-202ENST00000426475 660 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 TARDBPP1-201ENST00000442013 1203 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 UGT1A2P-201ENST00000454886 866 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 HLA-V-204ENST00000476601 1289 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 LINC01336-202ENST00000506086 479 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 TRMT112-206ENST00000544844 1106 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 MPI-209ENST00000564003 1195 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 TEX28P1-201ENST00000613479 1221 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 TEX28P2-201ENST00000617764 1221 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 KRAS-202ENST00000311936 5765 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 PRKD2-206ENST00000595515 3012 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 NDRG2-226ENST00000554104 2146 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 MBD1-224ENST00000591416 4905 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 RNF182-208ENST00000544682 3495 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 TPD52-201ENST00000379096 4041 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 KIAA1683-209ENST00000612316 2684 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 NR3C1-203ENST00000394464 6795 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 ATP2A3-204ENST00000397035 4182 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
LIG1P18858 ZNF84-202ENST00000392319 7020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
LIG1P18858 TDRD10-201ENST00000368480 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
LIG1P18858 NT5C3A-204ENST00000405342 1759 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
LIG1P18858 ZMIZ2-202ENST00000309315 5144 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
LIG1P18858 FADS2-210ENST00000522056 1689 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
LIG1P18858 PATZ1-203ENST00000351933 3638 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
LIG1P18858 SLC26A11-201ENST00000361193 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
LIG1P18858 STUM-202ENST00000366789 4093 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
LIG1P18858 UCK1-203ENST00000372211 2114 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
LIG1P18858 PTGFRN-201ENST00000393203 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.7 ms