Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 CSAG1-202ENST00000370287 875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 DEF8-202ENST00000418391 852 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 CNN2P10-201ENST00000443067 918 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AL133466.1-201ENST00000447582 150 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 LDHBP1-201ENST00000455730 1119 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AC245884.6-201ENST00000515672 1067 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 ANO1-AS1-201ENST00000524987 646 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AC067930.5-201ENST00000531730 1173 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 RPL28-208ENST00000559463 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AP000439.4-201ENST00000567742 664 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AKR1B10P2-201ENST00000577332 927 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AC021594.1-201ENST00000587174 636 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AC008743.1-201ENST00000596350 813 ntTSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 LINC00595-217ENST00000635545 549 ntTSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 NUDT16P1-202ENST00000499077 2208 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 ANTXRL-205ENST00000620264 2206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 SNAP47-AS1-201ENST00000413347 1708 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 ADSL-220ENST00000636714 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 BBS2-218ENST00000568104 2623 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 SERINC2-202ENST00000373710 2146 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 BANK1-207ENST00000508653 2115 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 ASXL1-210ENST00000613218 7038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 RECQL4-209ENST00000617875 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 ADAM8-205ENST00000485491 2441 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 SETD1B-201ENST00000267197 5772 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 TMUB2-212ENST00000589785 1918 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 VPS16-203ENST00000380469 2318 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AL596257.1-201ENST00000641463 2694 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 MAP4-202ENST00000360240 5142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 BX088651.4-201ENST00000435586 2579 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 PPP1R16B-202ENST00000373331 6106 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 TRIM14-201ENST00000341469 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 SNX31-201ENST00000311812 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 PAXBP1-202ENST00000331923 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 CEP72-201ENST00000264935 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 ICA1L-201ENST00000358299 3457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 PTPN13-204ENST00000436978 8573 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 RANBP1-201ENST00000331821 837 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 C14orf178-201ENST00000355883 642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 PFDN6-202ENST00000374607 598 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 PFDN6-203ENST00000374610 521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 MIR769-201ENST00000390225 118 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 NDUFA3-203ENST00000391763 338 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 HLA-DQB2-229ENST00000411527 1059 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 LIMS4-201ENST00000413601 1215 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 DLGAP4-AS1-202ENST00000433238 593 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 LINC01088-201ENST00000437737 973 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 LINC00642-202ENST00000442515 670 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 HSPB1P2-201ENST00000448722 546 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 PENK-202ENST00000451791 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AC009403.1-204ENST00000469539 597 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 COX5BP1-201ENST00000507622 393 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AC005920.3-202ENST00000512717 789 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 EIF3M-203ENST00000524896 1207 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 TMBIM4-205ENST00000535812 766 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 TMBIM4-212ENST00000556010 610 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AC025259.3-202ENST00000564363 687 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AC105105.3-201ENST00000585470 646 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AC005597.1-201ENST00000588092 420 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 PAX6-247ENST00000638965 979 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 POLL-217ENST00000628479 1953 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 LINC00554-201ENST00000564841 3011 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 ZDHHC13-201ENST00000399351 2283 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 ATXN7-213ENST00000538065 6842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 NFATC4-211ENST00000554344 2955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 SHMT2-232ENST00000557487 1918 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 MAGEA2-207ENST00000620710 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AJ239322.1-201ENST00000419362 2209 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 SPIN3-224ENST00000639583 2245 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 CPEB2-201ENST00000259997 5612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 MYB-201ENST00000316528 3571 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 MYB-241ENST00000616088 3573 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 RALYL-208ENST00000522455 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 PCDH10-201ENST00000264360 8489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 SYVN1-202ENST00000307289 2841 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 FAM192A-201ENST00000309137 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 DZIP1-203ENST00000361396 7418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 SHISA5-210ENST00000444115 2081 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 CLU-215ENST00000523500 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AL023775.1-201ENST00000454907 1746 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 LINC02370-201ENST00000428272 2009 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 AKAP9-205ENST00000394564 1356 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 FBLN1-202ENST00000327858 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 NPRL3-211ENST00000611875 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 SSFA2-202ENST00000409001 4987 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 APOPT1-201ENST00000409074 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 C4A-243ENST00000428956 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 C4B-202ENST00000435363 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 DISC1-209ENST00000439617 7059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 FBN1-205ENST00000560355 4109 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 COX4I1-201ENST00000253452 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 BATF-201ENST00000286639 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LIMD1Q9UGP4 CSNK2B-201ENST00000375865 908 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.5 ms