Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 AEN-201ENST00000332810 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ARFIP1-204ENST00000429148 1599 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 LONP1-213ENST00000590729 2626 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 HLF-201ENST00000226067 5547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CHSY3-201ENST00000305031 3850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 JAK3-201ENST00000458235 5432 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 HTR3A-203ENST00000375498 2235 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ATE1-209ENST00000543447 4826 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 TRIM14-201ENST00000341469 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ZNF84-201ENST00000327668 7162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 LRRC59-203ENST00000576448 1531 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 VSX2-201ENST00000261980 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 DHX36-202ENST00000329463 2985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CAST-224ENST00000508830 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 BICD2-201ENST00000356884 6427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ZNF706-201ENST00000311212 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ATP6V0D1-201ENST00000290949 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 LINC01267-201ENST00000502417 2284 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 RETN-201ENST00000221515 520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SOD1-201ENST00000270142 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 UCHL3-201ENST00000377595 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 KRT43P-201ENST00000434019 910 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AL357497.1-201ENST00000436249 666 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 RHOXF1P1-201ENST00000454625 772 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 GPR53P-205ENST00000457298 1084 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AC093879.1-201ENST00000508959 1176 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CHCHD7-211ENST00000521831 573 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 C14orf178-204ENST00000557011 474 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 RAB43P1-201ENST00000561790 589 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SNHG15-207ENST00000582727 1039 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AC012615.4-201ENST00000586694 607 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AC244669.2-201ENST00000612320 853 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 LINC02351-201ENST00000614728 289 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 WNT11-204ENST00000621122 789 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 RIC8A-217ENST00000626818 159 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CASZ1-202ENST00000377022 7936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CMPK1-203ENST00000371873 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ELF2-204ENST00000394235 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CHMP1A-201ENST00000397901 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 WDR45B-201ENST00000392325 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 PKIG-204ENST00000372889 1489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 GRIA4-203ENST00000393127 5621 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 KRT82-201ENST00000257974 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 TUFT1-201ENST00000353024 2107 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 TMEM92-201ENST00000300433 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CRAT-201ENST00000318080 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AMZ2P1-202ENST00000430983 3425 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 PTPRN2-201ENST00000389413 4723 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 PSMC3-213ENST00000619920 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CAMLG-201ENST00000297156 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 EGFR-203ENST00000344576 2864 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AP000866.1-201ENST00000499143 2886 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 MLKL-202ENST00000308807 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 PCBP4-201ENST00000322099 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 TBXAS1-208ENST00000448866 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 KAT5-202ENST00000352980 2059 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 RASA4B-202ENST00000465829 2931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 TINF2-202ENST00000399423 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 PNMA3-202ENST00000593810 1432 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 GGT6-204ENST00000574154 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 HSD17B6-201ENST00000322165 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ASPH-202ENST00000379449 1603 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 PEX11B-201ENST00000369306 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ATG9A-205ENST00000409618 4025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 POLD3-208ENST00000532497 1700 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ARHGEF1-219ENST00000599846 3393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 PES1-204ENST00000402284 2144 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CHST14-201ENST00000306243 3574 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CAMK2D-211ENST00000511664 2210 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SYNGR2-207ENST00000590201 2239 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 NDRG1-202ENST00000414097 3755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ZEB1-AS1-208ENST00000607166 2503 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 YY1AP1-201ENST00000295566 2626 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 TYSND1-201ENST00000287078 3644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 RAB41-201ENST00000276066 1071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 RAB41-202ENST00000374473 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CLCN6-207ENST00000376497 814 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 NDUFC1-201ENST00000394223 598 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 DSCR3-202ENST00000398998 988 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 HIST2H2BA-202ENST00000430394 752 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SVIL-AS1-208ENST00000446807 1007 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 IP6K1-203ENST00000460540 1260 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 LIMS3-203ENST00000480744 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AC115284.1-201ENST00000488257 547 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SEPT7P9-202ENST00000489259 743 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AC022616.1-201ENST00000518688 554 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 IL32-222ENST00000533097 814 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SNX29P1-201ENST00000548357 1007 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 GCHFR-203ENST00000558670 412 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 DUX4L47-201ENST00000566374 394 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.8 ms