Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 CHST8-201ENST00000262622 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 MRTO4-201ENST00000330263 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 LOH12CR2-201ENST00000381800 1540 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 SUMO1-203ENST00000392246 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 ASAH1-254ENST00000637636 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 CCDC121-202ENST00000394775 1472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 ADGRA1-202ENST00000392607 4283 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 PPP1R18-206ENST00000615892 1448 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 RASA4-202ENST00000449970 2787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 ERGIC3-203ENST00000357394 1357 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 C9orf24-201ENST00000297623 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 MRPL19-201ENST00000358788 693 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 CMTM5-203ENST00000359320 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 C9orf24-205ENST00000379133 712 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 AL627231.1-201ENST00000394467 1125 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 GTF2A2-205ENST00000396064 633 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 GTF2A2-208ENST00000484743 408 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 RCC2P8-201ENST00000502779 1035 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 MPZL3-203ENST00000525386 973 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 LGALS3-204ENST00000554715 916 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 AC009065.3-201ENST00000562027 627 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 PAM16-211ENST00000575848 518 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 PAM16-214ENST00000576217 493 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 AC138894.2-201ENST00000602838 371 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 HIST1H3C-201ENST00000612966 411 ntAPPRIS P1 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 AL136301.1-201ENST00000615830 422 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 IFI27-215ENST00000621160 644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 EYA2-208ENST00000497062 2384 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 ACSL4-201ENST00000340800 5333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 PLA1A-205ENST00000494440 1775 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 TC2N-206ENST00000556018 1770 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 RNF167-211ENST00000575111 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 VASN-201ENST00000304735 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 FAM45A-201ENST00000361432 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 PGAP2-205ENST00000396993 1566 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 TVP23B-201ENST00000307767 2064 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 BCAN-202ENST00000361588 2563 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 MAGEA2B-201ENST00000331220 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 STYXL1-201ENST00000248600 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 KIAA1614-AS1-201ENST00000415647 1440 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 FKBP6-204ENST00000431982 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 KLHL24-201ENST00000242810 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 PRKCZ-202ENST00000400921 2294 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 TRPC1-201ENST00000273482 4324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 RPH3AL-222ENST00000618002 2578 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 DKK4-201ENST00000220812 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 H2AFV-201ENST00000222690 3804 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 TPM1-202ENST00000288398 1295 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 VEGFB-202ENST00000426086 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 AC005234.1-201ENST00000457851 434 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 SIAH2-AS1-201ENST00000461943 441 ntTSL 4 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 HLA-J-204ENST00000495278 958 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 AC133919.1-201ENST00000562203 416 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 NFIC-204ENST00000586919 1221 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 ZNF528-AS1-202ENST00000596746 929 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 TMEM179-205ENST00000615704 636 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 AL645728.2-202ENST00000641679 227 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 SLC22A3-201ENST00000275300 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 DYRK3-201ENST00000367106 2329 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 SLC2A5-201ENST00000377414 2344 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 HPCAL1-202ENST00000381765 1904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 HPCAL1-207ENST00000620771 1941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 ARID5A-203ENST00000454558 3079 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 SERF2-201ENST00000249786 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 PGA5-201ENST00000312403 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 ELAVL1-205ENST00000596459 1473 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 KCNJ12-201ENST00000331718 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 BRMS1-201ENST00000359957 1445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 AC055811.4-201ENST00000624039 1754 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 ALPL-207ENST00000540617 2131 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 GHDC-202ENST00000414034 2496 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 RBCK1-202ENST00000356286 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 DRC3-201ENST00000313838 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 AC026688.2-201ENST00000518984 1734 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 POLD3-208ENST00000532497 1700 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 PPP1R15A-201ENST00000200453 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 PPAN-P2RY11-202ENST00000428358 2661 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 PPHLN1-204ENST00000358314 1643 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 AC068831.1-204ENST00000501381 1621 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 NUP210P1-201ENST00000357061 876 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 APOA1-202ENST00000359492 932 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 CXCL12-202ENST00000374426 470 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 FGF14-202ENST00000376143 744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL6A1P12109 AC097065.1-201ENST00000425737 517 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.9 ms