Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 GAP43-201ENST00000305124 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 RIC8B-213ENST00000638198 1611 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 CYP4F24P-201ENST00000586049 1580 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 ELP4-219ENST00000639878 1583 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 TTC28-AS1-212ENST00000433317 3080 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 HYAL1-209ENST00000618175 2225 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 TMEM231-207ENST00000568377 2920 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 HNRNPF-201ENST00000337970 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 GPR132-203ENST00000539291 2779 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 SHISA5-210ENST00000444115 2081 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 ERO1B-202ENST00000354619 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 CHL1-202ENST00000397491 5235 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 TACR3-201ENST00000304883 5190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 PAGE5-201ENST00000289619 741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 ID3-201ENST00000374561 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 CMTM3-205ENST00000562707 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 AC105021.1-202ENST00000570572 669 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 AC003101.2-201ENST00000612557 442 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 TNN-203ENST00000622870 3719 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 MAGEA2B-202ENST00000370293 1714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 SLC26A11-202ENST00000411502 2872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 BCKDHA-201ENST00000269980 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 PTBP1-221ENST00000635647 3691 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 AEN-201ENST00000332810 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 INVS-201ENST00000262456 2968 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 AC011477.6-201ENST00000604980 1927 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 TOM1L2-209ENST00000540946 1420 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 ZNF804B-201ENST00000333190 4659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 CCDC136-212ENST00000487361 2268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 NTRK3-AS1-201ENST00000569588 2663 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 TUBG2-201ENST00000251412 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 TJP2-208ENST00000535702 3984 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 RARG-202ENST00000394426 2640 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 TMTC1-207ENST00000552618 3915 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 ZNF576-201ENST00000336564 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 SPEM1-201ENST00000323675 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 AL512356.2-201ENST00000546955 174 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 AL133215.2-201ENST00000609242 977 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 DESI2-202ENST00000302550 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 FAM156A-221ENST00000622447 3757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 MARCH2-208ENST00000602117 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 FLI1-201ENST00000281428 4151 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 PPP6R2-203ENST00000395741 3304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 AGAP7P-201ENST00000582299 2062 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 AGAP14-201ENST00000624701 2060 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 PCDHA6-203ENST00000529310 5374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 FDFT1-223ENST00000615631 2462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 SLC4A3-202ENST00000317151 4069 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 DEPDC7-202ENST00000311388 2012 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 MPZL1-203ENST00000392121 3421 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 NOX5-209ENST00000530406 2289 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 TMEM30B-202ENST00000555868 4471 ntAPPRIS P1 BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 SAR1A-204ENST00000373241 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 GDPD2-204ENST00000536730 2171 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 SEZ6L-202ENST00000343706 2898 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 PROSER3-202ENST00000396908 2149 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 STK3-201ENST00000419617 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 ZCCHC7-209ENST00000534928 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 AC068946.1-202ENST00000318673 2745 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 ZNF607-201ENST00000355202 4364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 CUX1-215ENST00000556210 4044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 ATP13A2-202ENST00000341676 3681 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 PKDREJ-201ENST00000253255 7693 ntAPPRIS P1 BASIC18.83■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 AC140479.7-201ENST00000636301 2332 ntBASIC18.83■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 ITGB2-203ENST00000355153 2913 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 DHX40-202ENST00000425628 2255 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
BRPF3Q9ULD4 PSMG3-201ENST00000252329 1007 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.83■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 LRRC37A5P-201ENST00000374304 1103 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 TRAPPC6A-202ENST00000585934 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 AC244153.1-203ENST00000622796 419 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 KIAA0141-201ENST00000194118 2203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 CROCC-201ENST00000375541 6656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 RDX-218ENST00000544551 4117 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 ZEB1-AS1-208ENST00000607166 2503 ntBASIC18.83■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 NFATC4-231ENST00000557451 5613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 SETD6-203ENST00000394266 3423 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 IQCE-201ENST00000325979 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 SPOCD1-201ENST00000257100 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
BRPF3Q9ULD4 APAF1-203ENST00000359972 7029 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.1 ms