Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 UPK3A-201ENST00000216211 1051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SMAD6-201ENST00000288840 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SPAG11B-203ENST00000359758 612 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 BRF1-202ENST00000379932 884 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 EVA1A-203ENST00000410010 696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ARL2-204ENST00000529384 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 IFI27L1-210ENST00000556381 804 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC020911.1-201ENST00000591038 578 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC093813.1-201ENST00000605066 256 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 MIR6869-201ENST00000619434 62 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 WRAP73-202ENST00000378322 1998 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ZNF831-201ENST00000371030 9401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ECHDC2-203ENST00000371522 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 CNN1-202ENST00000535659 1527 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 DAAM2-211ENST00000633794 3871 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 KIAA1211-206ENST00000541073 4117 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ATXN7-201ENST00000295900 7224 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 LINC01529-205ENST00000637365 2000 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 DBNDD1-202ENST00000304733 2081 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 USP47-207ENST00000527733 4525 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 EDN3-205ENST00000395654 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 PRR18-201ENST00000322583 3084 ntAPPRIS P2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 C2CD4C-201ENST00000332235 3129 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 HIPK3-203ENST00000456517 7399 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SARM1-208ENST00000585482 10309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SSH1-201ENST00000326470 2432 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 CGGBP1-201ENST00000309534 4495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 MPL-201ENST00000372470 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 TK1-203ENST00000588734 1681 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC006019.1-201ENST00000425591 2470 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 VGLL2-202ENST00000352536 1709 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ACP2-205ENST00000527256 1499 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 KIFC2-201ENST00000301332 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 UBTF-201ENST00000302904 4997 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 UBE4B-201ENST00000253251 4772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 INTS11-203ENST00000419704 1798 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SHQ1-201ENST00000325599 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 SURF4-207ENST00000545297 2863 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 FLII-221ENST00000578558 2377 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 NAT8-201ENST00000272425 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 KRTAP1-4-201ENST00000377747 408 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 RAC2-202ENST00000401529 569 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 P3H2-AS1-201ENST00000412203 730 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AL121983.1-201ENST00000424181 335 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 C2orf27AP3-201ENST00000434123 579 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 YBX1P6-201ENST00000442962 1002 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 DZIP1L-204ENST00000469243 2107 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AP001582.1-201ENST00000525856 295 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC079316.1-201ENST00000548397 411 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 KRT90P-201ENST00000549264 1064 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC010491.1-202ENST00000567048 528 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 IFT20-206ENST00000578122 834 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 IFT20-208ENST00000578985 831 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC107373.2-201ENST00000607735 490 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AL354718.3-201ENST00000616414 581 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 GPR182-203ENST00000622922 591 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 CR382287.1-201ENST00000623954 586 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AC006453.2-202ENST00000635968 827 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ZFYVE28-210ENST00000515169 1590 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 TBC1D26-206ENST00000579428 1583 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 KIF1C-201ENST00000320785 7919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 IL17RA-204ENST00000612619 8506 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF25-202ENST00000333972 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 C9orf139-202ENST00000623196 4990 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 PRG2-202ENST00000525955 1367 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 TCHH-201ENST00000368804 6900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 PLAA-205ENST00000520884 2041 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 ZC3H4-201ENST00000253048 6119 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 MYO15B-237ENST00000642007 4893 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 VWF-201ENST00000261405 8838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 CTSD-207ENST00000636571 1790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 LRRC57-204ENST00000563454 2407 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 RASD2-201ENST00000216127 3412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AGER-206ENST00000375070 1463 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 KLK6-203ENST00000391808 1478 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AGER-208ENST00000438221 1493 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 TEKT4-201ENST00000295201 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 PIGT-201ENST00000279035 1880 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
CCDC3Q9BQI4 AP000253.1-201ENST00000449339 2233 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 NPHP4-201ENST00000378156 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 HAP1-204ENST00000393939 5683 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 PCDHGA11-202ENST00000518882 2263 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 STK17A-201ENST00000319357 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 MXD1-206ENST00000540449 5580 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 EMC4-201ENST00000249209 852 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 ACKR1-201ENST00000368121 1240 ntBASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 LCE1E-202ENST00000368771 575 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 SS18L1-202ENST00000370848 1238 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 TEX30-203ENST00000376022 828 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 TSPAN32-204ENST00000381121 999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 PEMT-203ENST00000395782 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 AL133267.1-201ENST00000398220 340 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.2 ms