Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 NFATC4-213ENST00000554591 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 C20orf166-AS1-203ENST00000475015 2585 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 KRT71-201ENST00000267119 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 TRMT1-203ENST00000437766 2263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AC009090.5-201ENST00000624886 2285 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 CNPY1-203ENST00000636372 2259 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AL928970.1-201ENST00000422679 2923 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 RBM47-203ENST00000381795 4473 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 DEF8-210ENST00000563594 4450 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 FOXB1-201ENST00000396057 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 KIAA0513-202ENST00000538274 7381 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 FDPS-202ENST00000368356 1431 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 TPGS2-220ENST00000610723 1426 ntTSL 3 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AGAP7P-201ENST00000582299 2062 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AGAP14-201ENST00000624701 2060 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 IFT52-201ENST00000373030 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 IRF4-201ENST00000380956 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SPATC1-202ENST00000447830 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 RNF11-201ENST00000242719 3084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 ZNF607-201ENST00000355202 4364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 CUX1-214ENST00000550008 4350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SLC4A2-202ENST00000413384 4142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 VGLL3-202ENST00000398399 10400 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 NUP62-212ENST00000597723 1824 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SHROOM1-201ENST00000319854 3190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SERTAD2-201ENST00000313349 5549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SIPA1L3-201ENST00000222345 7987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SYP-207ENST00000479808 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 EHHADH-203ENST00000456310 2577 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 ARC-201ENST00000356613 2948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 GOLGA5-201ENST00000163416 2969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AC093525.2-201ENST00000564543 1944 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AP002414.2-201ENST00000591780 3365 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 STARD8-202ENST00000374597 4820 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AC023024.2-201ENST00000623561 1993 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 CHIA-201ENST00000343320 1624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 MC1R-202ENST00000555147 3099 ntAPPRIS P1 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 EGLN3-201ENST00000250457 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 HIST3H2BA-201ENST00000436555 524 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AC003101.2-201ENST00000612557 442 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AUTS2-217ENST00000611706 4583 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AFDN-205ENST00000392108 6812 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 CYB5R1-201ENST00000367249 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SLC39A6-202ENST00000440549 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 GRAMD4P3-201ENST00000621665 1669 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SLC39A1-201ENST00000310483 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 ZFPM2-206ENST00000520492 3960 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 FAM160B1-203ENST00000369250 2870 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 RAB3IL1-201ENST00000301773 2125 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 USP9X-202ENST00000378308 8371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 YY1AP1-211ENST00000368340 2927 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 STRC-205ENST00000450892 5680 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 PCDHGA6-202ENST00000610583 5650 ntAPPRIS P1 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 HMOX2-204ENST00000414777 1752 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 HIC2-203ENST00000443632 6940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 MAPKAP1-201ENST00000265960 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 MEGF10-202ENST00000418761 2238 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 TMEM143-203ENST00000435956 2272 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AC112484.1-201ENST00000508239 2291 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AC013726.1-201ENST00000563747 2285 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 CDH23-202ENST00000299366 3954 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 NACC1-201ENST00000292431 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 PRDM15-201ENST00000269844 4881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 WRAP53-202ENST00000396463 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 DPP6-205ENST00000427557 2388 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF17-201ENST00000263674 7853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 SPHK2-202ENST00000340932 2492 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 TAF11-201ENST00000361288 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 BCAR1-204ENST00000418647 3387 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 CRLS1-203ENST00000452938 3859 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 GHDC-203ENST00000428494 2518 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 AC090826.2-201ENST00000568496 4946 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF14-AS1-201ENST00000416860 3522 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 ABI3-201ENST00000225941 2109 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 STAB1-201ENST00000321725 7928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 FOLH1-202ENST00000340334 2697 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 ASIC4-201ENST00000347842 2684 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 DDX19B-203ENST00000393657 1717 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 ASAH1-210ENST00000520781 2245 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 PTPRA-201ENST00000216877 3725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 USH1C-207ENST00000527720 2278 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
CCDC54Q8NEL0 PPFIA4-204ENST00000447715 6349 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms