Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 AC128709.1-201ENST00000445908 600 ntTSL 3 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TMEM191A-209ENST00000452055 788 ntTSL 2 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CROCCP4-201ENST00000457096 498 ntBASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 LINC01336-201ENST00000503568 534 ntTSL 4 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AL163974.1-201ENST00000554540 466 ntTSL 5 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 UBL5-208ENST00000593087 320 ntTSL 3 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 C19orf53-206ENST00000593274 491 ntTSL 2 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 VAV2-201ENST00000371850 4837 ntTSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ZNF563-201ENST00000293725 2754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ZC2HC1C-201ENST00000238686 2249 ntTSL 5 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 GAS2L3-201ENST00000266754 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TP73-213ENST00000604479 1623 ntTSL 5 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CDIP1-209ENST00000567695 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 UBAC2-202ENST00000376440 2525 ntTSL 2 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SLC5A7-202ENST00000409059 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TRIM50-202ENST00000453152 1599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 C8orf49-201ENST00000525043 1968 ntBASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ABHD11-201ENST00000222800 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CYP2AB1P-202ENST00000454440 1456 ntBASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ACSL3-202ENST00000392066 3147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 KDM5C-204ENST00000375401 6031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SPHK2-210ENST00000599748 2683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ARHGEF7-214ENST00000478679 1833 ntTSL 2 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CCDC71L-202ENST00000523505 4232 ntAPPRIS P2 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 USP49-203ENST00000394253 9034 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 STK24-203ENST00000397517 4578 ntTSL 2 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TPBG-202ENST00000535040 3392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CYB561D1-204ENST00000420578 3326 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 RBPMS2-202ENST00000560606 1746 ntTSL 2 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 DCBLD1-202ENST00000338728 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.31□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TLDC2-201ENST00000217320 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ZNF662-201ENST00000328199 3186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 DGKZ-205ENST00000456247 3482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 OR10H1-201ENST00000334920 1124 ntAPPRIS P1 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 MRPL55-215ENST00000366742 630 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 C1orf210-201ENST00000423420 629 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC114730.3-201ENST00000435195 584 ntTSL 5 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 VCX3B-204ENST00000453306 868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AL353747.3-201ENST00000454185 579 ntTSL 3 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SLED1-202ENST00000512051 380 ntBASIC13.3□□□□□ -0.28
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CHD3Q12873 PLEKHA7-214ENST00000532079 565 ntTSL 5 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AURKB-202ENST00000534871 1167 ntTSL 2 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 LINC00928-204ENST00000561201 1123 ntTSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC015910.1-201ENST00000579400 975 ntBASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC103810.3-201ENST00000583567 96 ntBASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AKR1B15-202ENST00000457545 1621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC112693.3-201ENST00000624819 1983 ntBASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PKD2L2-205ENST00000508638 2333 ntTSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 MALSU1-202ENST00000466681 3044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
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CHD3Q12873 SERTAD1-201ENST00000357949 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 MAP3K8-201ENST00000263056 3096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 UCHL5-206ENST00000367455 5327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 OXA1L-203ENST00000412791 1440 ntTSL 5 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 LMF1-AS1-202ENST00000569574 1408 ntTSL 3 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PAX3-206ENST00000392070 2258 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 HSP90B1-201ENST00000299767 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 EPS8-201ENST00000281172 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC13.3□□□□□ -0.28
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CHD3Q12873 SEC14L4-204ENST00000381982 1603 ntTSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 KLK8-211ENST00000600767 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC009237.3-202ENST00000608013 3042 ntTSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 KIAA0391-202ENST00000321130 1589 ntTSL 3 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC13.3□□□□□ -0.28
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CHD3Q12873 EDN2-201ENST00000372587 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SETD4-205ENST00000399208 1165 ntTSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 METTL6-204ENST00000450816 1221 ntTSL 2 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CTBP2P5-201ENST00000454986 1264 ntBASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC093904.2-201ENST00000495580 418 ntTSL 3 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC136475.5-202ENST00000524824 587 ntTSL 4 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TROAP-207ENST00000548311 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC013451.1-201ENST00000554552 518 ntTSL 4 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 LINC01595-201ENST00000555406 639 ntTSL 3 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ARL16-210ENST00000574938 751 ntTSL 2 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 C17orf62-239ENST00000585080 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC243960.2-201ENST00000600996 747 ntBASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PPA1-206ENST00000625364 644 ntTSL 5 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 GLG1-202ENST00000422840 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 DDX1-202ENST00000381341 2817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 UNC119B-201ENST00000344651 4404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 EID3-201ENST00000527879 1467 ntAPPRIS P1 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CDC42-203ENST00000400259 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 DNM1-201ENST00000341179 3254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TMEM25-206ENST00000442938 2228 ntTSL 2 BASIC13.3□□□□□ -0.28
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