Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 C11orf53-203ENST00000637637 1049 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP26-203ENST00000523956 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 AC138969.3-201ENST00000546612 1459 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 AC138932.2-201ENST00000548268 1459 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 AC126755.4-201ENST00000549796 1459 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 AC027601.1-201ENST00000575922 4506 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 CDH24-202ENST00000397359 3552 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA1G-201ENST00000352832 7848 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 IRF8-201ENST00000268638 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 EGLN1-201ENST00000366641 7097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 YTHDC1-202ENST00000355665 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 PCDH10-201ENST00000264360 8489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 OTUD3-201ENST00000375120 6397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD13A-201ENST00000238936 2852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 SPOCK1-202ENST00000394945 4846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 KCTD15-201ENST00000284006 4918 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 USP25-201ENST00000285679 3973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 PRPS2-203ENST00000398491 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 ACTL9-201ENST00000324436 1426 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 MOG-215ENST00000376888 1529 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 NME7-201ENST00000367811 1642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 SLC5A7-201ENST00000264047 5152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6V0D1-201ENST00000290949 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 PMP22-201ENST00000312280 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 TM4SF19-AS1-203ENST00000452051 1829 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 EIF4G1-209ENST00000414031 5569 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 DUS4L-201ENST00000265720 2220 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 AMPD2-218ENST00000528454 2728 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 PODNL1-204ENST00000538517 2744 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 FYCO1-205ENST00000535325 8578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF324-201ENST00000196482 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 AIFM2-201ENST00000307864 3243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 PAFAH1B1-202ENST00000397195 5497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 GNE-202ENST00000396594 5298 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM201-202ENST00000340381 3776 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35A3-209ENST00000638338 2890 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A7-202ENST00000372585 2555 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 SCAMP4-202ENST00000409472 2394 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 TBXAS1-208ENST00000448866 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 XK-201ENST00000378616 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 IRF2BP2-202ENST00000366610 4615 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 GCFC2-201ENST00000321027 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 EHF-210ENST00000531794 1481 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 CES4A-203ENST00000535696 1472 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 RPL18A-201ENST00000222247 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 ZFAND4-203ENST00000374366 3821 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 FKBP1B-201ENST00000380986 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 SNX21-206ENST00000462307 1043 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 KREMEN1-201ENST00000327813 2719 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 ANO10-213ENST00000451430 2019 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 MAGEA9-201ENST00000243314 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 AC007191.1-201ENST00000623179 2995 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 SYTL3-205ENST00000611299 2896 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 UBL7-AS1-203ENST00000564621 1612 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 SLC26A10-201ENST00000320442 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 PBX3-203ENST00000373487 2902 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGEF6-202ENST00000370620 4764 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 USP37-202ENST00000338465 1771 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 FARS2-202ENST00000324331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT9-244ENST00000592420 2588 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 INPPL1-207ENST00000538751 4656 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 AP4M1-205ENST00000422582 1814 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 NEK11-205ENST00000507910 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 WRB-204ENST00000398753 699 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 AC008750.1-201ENST00000532473 492 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM120B-206ENST00000540377 962 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 MAPKAPK5-203ENST00000547305 494 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2Q2L-201ENST00000558195 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 AC012617.1-203ENST00000590845 439 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 INPP5D-201ENST00000359570 5274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 OSBPL5-210ENST00000525498 2733 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 AC007743.1-201ENST00000596663 3075 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 COCH-202ENST00000396618 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 PIP5K1C-202ENST00000537021 3326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 USP35-204ENST00000530267 2419 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 KIAA1211-206ENST00000541073 4117 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 DTD2-202ENST00000356180 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 C5orf38-207ENST00000515640 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 AC058822.1-201ENST00000507166 2550 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 TRAF7-201ENST00000326181 3700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 MED16-203ENST00000325464 2922 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 AL583722.1-201ENST00000540171 1307 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 THEMIS2-203ENST00000373925 1650 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 AC009053.1-204ENST00000429810 2355 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 SNX11-202ENST00000393405 2733 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 SPON1-201ENST00000576479 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 TBL3-205ENST00000568546 6803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
LIMCH1Q9UPQ0 FCHO1-206ENST00000594202 3214 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 98 ms