Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 LINC02298-201ENST00000546968 965 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 YEATS4-202ENST00000548020 1100 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 LMO7-AS1-202ENST00000568735 467 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AC087294.1-201ENST00000580291 1152 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AP001033.1-201ENST00000584509 466 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 YIF1B-214ENST00000591784 940 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 HIF3A-218ENST00000600383 2101 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 KCNJ5-203ENST00000533599 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 ARPP19-202ENST00000561650 3245 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 CIART-203ENST00000369095 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 TIGD4-201ENST00000304337 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 TRIM50-202ENST00000453152 1599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 HOXB4-201ENST00000332503 3757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 SPG21-203ENST00000433215 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AP1S3-206ENST00000443700 1785 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 GRB7-203ENST00000394209 1955 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 CSGALNACT1-211ENST00000522854 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 LDLRAD4-205ENST00000585931 2118 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 NEDD1-213ENST00000557644 2367 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 BCL10-201ENST00000370580 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 TMC5-202ENST00000381414 4755 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 B4GALNT1-201ENST00000341156 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 TRAF7-201ENST00000326181 3700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 H2BFWT-201ENST00000217926 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 CIB3-201ENST00000269878 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 DERL3-204ENST00000406855 1063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AL157832.1-201ENST00000428273 495 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 KCNQ1DN-201ENST00000441418 1093 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 RRP7BP-205ENST00000566851 833 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 PAM16-204ENST00000571941 674 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 CUEDC1-207ENST00000577840 875 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 CLUHP6-201ENST00000580789 941 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AC027575.2-201ENST00000585258 1295 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AC008770.3-202ENST00000591944 567 ntTSL 4 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 TEAD4-203ENST00000397122 1396 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 SLC25A3-217ENST00000552981 1351 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 P2RY4-201ENST00000374519 1595 ntAPPRIS P1 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 SPAAR-202ENST00000443779 1612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 PDRG1-201ENST00000202017 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 PAF1-201ENST00000221265 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 TP73-204ENST00000378280 2062 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 PES1-204ENST00000402284 2144 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 ARHGEF16-201ENST00000378371 2219 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 ZNF385A-205ENST00000546970 2494 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 TRAF6-201ENST00000348124 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 SLC17A5-201ENST00000355773 3455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 RASSF5-201ENST00000577571 3496 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 TSPY26P-202ENST00000565928 3884 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 ZCCHC18-203ENST00000537356 2907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 ZNF557-201ENST00000252840 2268 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 NOP2-222ENST00000617555 2017 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 ATF7-205ENST00000548446 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 TGFB1I1-214ENST00000567607 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 PRODH2-201ENST00000301175 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 NKIRAS1-203ENST00000415901 1644 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 OIT3-202ENST00000622652 1602 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 KRT8P22-201ENST00000562317 1415 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 ZNF890P-201ENST00000422060 1352 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 ZDHHC12-201ENST00000372663 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 SNCA-205ENST00000394991 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 LNCPRESS1-201ENST00000429254 756 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 ZNF707-203ENST00000442058 562 ntTSL 4 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 LHX6-205ENST00000464484 666 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AC067930.5-201ENST00000531730 1173 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 TP53TG3HP-202ENST00000569755 579 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 ALDH3B1-203ENST00000612297 1231 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 SLC35A3-209ENST00000638338 2890 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 PPFIBP1-216ENST00000545334 2805 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 PCDHGB1-202ENST00000611598 2592 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 NID2-208ENST00000617139 3827 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 KCNG3-202ENST00000394973 3656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 UPB1-202ENST00000382760 1928 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 CELF4-223ENST00000603232 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AL137783.1-201ENST00000623494 1896 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 ATP6V1B1-202ENST00000412314 1805 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 SLC25A27-201ENST00000371347 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 AFTPH-201ENST00000238855 4113 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 C21orf58-204ENST00000397682 2941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 GPKOW-201ENST00000156109 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 CDC42EP4-202ENST00000439510 2879 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
COL9A3Q14050 VILL-202ENST00000383759 2787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
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