Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 ZNF655-201ENST00000252713 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 SLC19A1-201ENST00000311124 3811 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 FAHD2B-202ENST00000414820 1388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 CAAP1-206ENST00000625311 1532 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 CYB561D1-201ENST00000310611 5009 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 GRM1-203ENST00000361719 6754 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 SLC7A8-212ENST00000529705 1819 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 PAPSS2-202ENST00000456849 3856 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 TCHH-202ENST00000614923 6995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 MYD88-203ENST00000417037 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 SMC5-201ENST00000361138 5980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 MYADM-203ENST00000391769 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 BLK-201ENST00000259089 2606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 CMBL-201ENST00000296658 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 SLC7A4-202ENST00000403586 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 HNRNPLL-205ENST00000409636 3980 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 ADAM15-209ENST00000449910 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 MLF1-206ENST00000471745 1266 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 SPOCK3-210ENST00000506886 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 GLIPR1L2-204ENST00000550916 2609 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 UBL7-209ENST00000567435 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 ACTL9-202ENST00000612068 1252 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 PAPPA-201ENST00000328252 10959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 TRIM65-201ENST00000269383 3439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 APLP2-203ENST00000338167 3270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 MAD1L1-204ENST00000406869 2991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 SEMA4B-201ENST00000332496 3781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 ARFGAP1-202ENST00000370275 3467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 MOB3C-203ENST00000371940 5725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 SFSWAP-201ENST00000261674 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 CHRNA3-201ENST00000326828 3202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 TMPRSS2-202ENST00000398585 3240 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 PHKG1-210ENST00000537360 2139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 TIGD6-201ENST00000296736 4006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 AC090099.1-203ENST00000527059 2945 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
VIMP08670 FARS2-202ENST00000324331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 STRC-205ENST00000450892 5680 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 HNRNPH3-201ENST00000265866 2339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 TMEM209-202ENST00000462753 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 LINC02538-201ENST00000609107 4569 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 GRSF1-201ENST00000254799 6666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 ATP6V0A1-203ENST00000393829 3028 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 GPC3-202ENST00000394299 2379 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 KBTBD4-202ENST00000430070 2372 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 ACVR1B-206ENST00000542485 2362 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 POM121-201ENST00000358357 5320 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 ADCY3-202ENST00000405392 4397 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 BCAR1-205ENST00000420641 2725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 TTC28-AS1-212ENST00000433317 3080 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 WNT3A-201ENST00000284523 2932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 TUBGCP6-201ENST00000248846 5612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 NFATC3-203ENST00000349223 6328 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 FOXD4L5-201ENST00000377420 3109 ntAPPRIS P1 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 CLIP2-203ENST00000395060 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 UBAC2-AS1-201ENST00000426037 1771 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 AGRN-210ENST00000620552 7394 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 NKG7-201ENST00000221978 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 INF2-209ENST00000617571 2956 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 A1CF-202ENST00000373993 1997 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 MAEL-201ENST00000367870 1831 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 NEFH-201ENST00000310624 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 LMAN2L-201ENST00000264963 2397 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 RAPSN-201ENST00000298854 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 PLA2G16-201ENST00000323646 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 UNC5C-203ENST00000506749 2220 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 ANKRD35-201ENST00000355594 3342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 TMEM47-201ENST00000275954 4054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 TPD52L2-206ENST00000358548 2275 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
VIMP08670 PLEKHN1-202ENST00000379409 2455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VIMP08670 USP31-203ENST00000567975 2142 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VIMP08670 HEPACAM-201ENST00000298251 3602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VIMP08670 MYLK-201ENST00000346322 5892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VIMP08670 XPNPEP1-218ENST00000502935 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VIMP08670 OSBPL8-201ENST00000261183 7239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VIMP08670 OSBPL8-218ENST00000611266 7239 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VIMP08670 ZNF133-203ENST00000377671 2701 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VIMP08670 CERNA1-202ENST00000560518 1972 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49 ms