Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 AC136601.1-201ENST00000521803 666 ntTSL 3 BASIC15.65■□□□□ 0.1
COL6A3P12111 AC011489.1-201ENST00000586744 690 ntTSL 3 BASIC15.65■□□□□ 0.1
COL6A3P12111 SLC22A3-201ENST00000275300 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
COL6A3P12111 C17orf74-201ENST00000333870 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 KLK3-216ENST00000617027 1341 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 EIF2B3-201ENST00000360403 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 EWSR1-204ENST00000333395 1265 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AC011676.2-201ENST00000518520 584 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AC100827.2-201ENST00000563214 1194 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 POLD3-208ENST00000532497 1700 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 PANX2-201ENST00000159647 2964 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 CAMLG-201ENST00000297156 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 LMNA-203ENST00000368297 1679 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 IRAK1-204ENST00000393687 2049 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 FAM49B-201ENST00000401979 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 PCBD1-201ENST00000299299 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 COPS7B-205ENST00000409295 1009 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 CCL24-202ENST00000416943 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AC098934.1-203ENST00000442868 1262 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AL139010.1-202ENST00000452528 1041 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 SLCO2B1-205ENST00000525650 2121 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AC139099.2-201ENST00000572343 641 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AC007326.1-201ENST00000604539 458 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 ANKRD20A21P-201ENST00000611282 517 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 RPL13A-213ENST00000621674 1098 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 PROX1-AS1-235ENST00000628896 711 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 CRELD1-203ENST00000397170 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 HARS-205ENST00000457527 1896 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 CCNE1-203ENST00000444983 1680 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 FMR1-215ENST00000616382 1648 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 RPL35-201ENST00000348462 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 SERPINE2-202ENST00000409304 2161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 LINC01983-201ENST00000413586 574 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AC092896.1-201ENST00000465850 380 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AC004893.2-203ENST00000482799 796 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AC025183.2-201ENST00000503386 428 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 LINC01529-205ENST00000637365 2000 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 UQCC3-202ENST00000531323 2288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 CTSA-202ENST00000354880 1820 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 CBS-202ENST00000359624 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 CBSL-203ENST00000618024 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 CDK8-201ENST00000381527 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 CRHR2-202ENST00000348438 1600 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 ZNF7-218ENST00000544249 2125 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 RNF170-202ENST00000319073 1265 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 SLC13A3-205ENST00000417157 876 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 URB1-AS1-201ENST00000534991 831 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 KNOP1P1-201ENST00000542108 989 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AC009884.2-201ENST00000603110 324 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AC079331.1-201ENST00000623200 1200 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 BRIX1-201ENST00000336767 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 ZNF143-213ENST00000530463 2022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 IGHV5-51-201ENST00000390626 410 ntAPPRIS P1 BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 ANO3-205ENST00000531646 1264 ntTSL 4 BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AC078814.4-201ENST00000546650 327 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AC138701.2-201ENST00000553634 226 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 UIMC1-201ENST00000377227 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 NOX5-209ENST00000530406 2289 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 UROD-201ENST00000246337 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 CCL18-201ENST00000616054 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 WBP2-215ENST00000591399 2225 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 KCNJ2-AS1-201ENST00000590966 2442 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 PLAC8L1-201ENST00000311450 638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 DBNDD2-207ENST00000372722 1202 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 APOA1-203ENST00000375320 940 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 RPS9-202ENST00000391751 510 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 KRT8P6-201ENST00000399259 1207 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AC108734.2-201ENST00000420887 1069 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AC012441.2-201ENST00000444843 739 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AC027612.2-202ENST00000445955 1199 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 LAMA4-209ENST00000453937 645 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 IDH3A-213ENST00000559205 566 ntTSL 4 BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 SRRM2-205ENST00000570971 1132 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 NRN1L-202ENST00000576147 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms