Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 MPV17-201ENST00000233545 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 TPM2-202ENST00000360958 1189 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 CRYAA-203ENST00000398133 600 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AGTRAP-206ENST00000452018 809 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 PGAP2-208ENST00000464229 863 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 RPL23A-206ENST00000496182 636 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 KCNK16-205ENST00000507712 889 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AC116345.2-201ENST00000512837 523 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 PTK2-225ENST00000520892 571 ntTSL 4 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AC126696.1-201ENST00000561567 756 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 ZSCAN10-205ENST00000572548 618 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AIPL1-211ENST00000576776 1190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 SELENOW-204ENST00000595615 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 SELENOW-216ENST00000612212 875 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 FP236240.1-202ENST00000624019 601 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R3G-201ENST00000405617 4907 ntAPPRIS P1 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 THSD1-202ENST00000349258 3189 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 TCP1-201ENST00000321394 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 KAZN-201ENST00000361144 3838 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 MVK-214ENST00000629016 1591 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 FAM49B-223ENST00000522746 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 HOXB3-205ENST00000470495 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 FSD1L-206ENST00000481272 1804 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 COQ8A-201ENST00000366777 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 NEO1-207ENST00000560262 4315 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 TTLL3-213ENST00000430793 2097 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AC106886.4-201ENST00000623557 2502 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 FRMD3-202ENST00000328788 964 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 LAMTOR4-201ENST00000341942 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 RPSAP31-201ENST00000416648 895 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V1G2-210ENST00000483251 662 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AC022858.1-201ENST00000521685 685 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 SIRT3-210ENST00000529382 1225 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 LINC02332-201ENST00000557232 386 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AC103988.2-201ENST00000561804 725 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 CYB5D1-202ENST00000570446 570 ntTSL 4 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AL031282.1-201ENST00000577672 409 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AC011498.6-201ENST00000592034 510 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 ZNF528-AS1-202ENST00000596746 929 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AL031665.1-201ENST00000619766 572 ntTSL 4 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 GPR39-203ENST00000622084 900 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 C12orf56-207ENST00000543942 3242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 TANK-202ENST00000392749 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 PCDHA12-201ENST00000398631 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 LY6K-205ENST00000522591 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 PRX-201ENST00000291825 5502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 NADSYN1-201ENST00000319023 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AMT-224ENST00000635808 1610 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 CAP2-206ENST00000489374 1430 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 RBBP7-204ENST00000404022 1904 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 PBX2-201ENST00000375050 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 NPPA-201ENST00000376476 728 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AC026316.1-201ENST00000398900 414 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 ORMDL1-204ENST00000409519 1223 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AL353637.1-201ENST00000451571 732 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 RBM4B-202ENST00000524637 867 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 FAM86B1-218ENST00000534520 808 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 BNIP3P13-201ENST00000599968 566 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 PPP2CA-203ENST00000481195 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 RAD1-202ENST00000341754 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 AK4-207ENST00000545314 6887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 MPP2-208ENST00000520305 2111 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 NFAM1-201ENST00000329021 5602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 PHRF1-203ENST00000416188 5227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 DIP2A-204ENST00000457905 3044 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 SH3PXD2B-203ENST00000519643 1394 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 PITPNA-201ENST00000313486 3912 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP33-201ENST00000007510 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 SLC5A10-202ENST00000395643 1982 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 ARMC5-203ENST00000457010 4844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 CALCB-202ENST00000523376 2258 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 MBTD1-201ENST00000376381 1420 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 FUT3-202ENST00000458379 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 FGFR1OP-201ENST00000349556 1484 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 SEC13-208ENST00000397109 1467 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 SIPA1-201ENST00000394224 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 CD1E-213ENST00000444681 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 CD300C-201ENST00000330793 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 SNX31-201ENST00000311812 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 SLC9A5-201ENST00000299798 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 FAM215B-201ENST00000458392 2183 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC9Q9Y3X0 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms