Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 ZCCHC3-201ENST00000500893 3354 ntAPPRIS P1 BASIC19.02■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 DENR-201ENST00000280557 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 FGFR1OP-201ENST00000349556 1484 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 MUC20-201ENST00000320736 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 NR1H3-235ENST00000616973 1919 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 KIF22-208ENST00000569382 2020 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 CHRNA7-217ENST00000636603 2012 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 STAT6-225ENST00000640254 2037 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 CKM-201ENST00000221476 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 GRN-222ENST00000639447 1314 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 LINC01502-201ENST00000445997 2471 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 MRPS7-201ENST00000245539 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 TCP10L2-202ENST00000366832 2185 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 PLA2G5-201ENST00000375108 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 SMS-201ENST00000379404 1174 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 AC091804.1-201ENST00000486888 567 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 CHMP2B-205ENST00000494980 1175 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 AF111167.2-202ENST00000558267 599 ntTSL 4 BASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 CTCF-201ENST00000264010 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 SLC6A2-209ENST00000568943 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 RPP40-202ENST00000380051 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 GRSF1-208ENST00000545193 2682 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 ANXA11-203ENST00000422982 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 CAP2-206ENST00000489374 1430 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 LIPE-AS1-205ENST00000594688 2383 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 CARS-203ENST00000397111 2685 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 SURF4-207ENST00000545297 2863 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 AC010424.3-201ENST00000635510 1745 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 SLC12A8-207ENST00000469902 2989 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 AQP6-204ENST00000615425 2245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 EGLN2-207ENST00000593726 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 SLURP2-201ENST00000317543 599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 HIST1H2AJ-201ENST00000333151 387 ntAPPRIS P1 BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 PAX4-201ENST00000338516 1085 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 LAMTOR4-201ENST00000341942 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 FAM24B-202ENST00000368898 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 BUD31-202ENST00000403633 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 CALR4P-201ENST00000431943 946 ntBASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 HIST2H2BB-201ENST00000449108 381 ntBASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 BX284668.4-201ENST00000453917 508 ntBASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 AKR7A2P1-201ENST00000460134 915 ntBASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 APOPT1-207ENST00000477116 906 ntTSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 AC100850.1-201ENST00000506768 649 ntBASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 AC126915.1-201ENST00000522847 1038 ntBASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 AC007342.4-201ENST00000566383 584 ntTSL 4 BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 LRRC37A6P-204ENST00000575554 573 ntTSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 AC021594.1-201ENST00000587174 636 ntTSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 SMIM22-211ENST00000615889 1047 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 KRT8P4-201ENST00000509735 1454 ntBASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 AL137783.1-201ENST00000623494 1896 ntBASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 HNRNPF-201ENST00000337970 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 LINGO1-204ENST00000561030 2677 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 KIAA1324L-207ENST00000444627 3527 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 NMNAT3-203ENST00000413939 1711 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 ECSIT-209ENST00000591104 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 STRN-202ENST00000379213 2254 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 SGK3-211ENST00000522398 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 NPNT-201ENST00000305572 3003 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 PLEKHB2-207ENST00000438882 1460 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 AC138028.6-201ENST00000616106 1482 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 TOB1-202ENST00000499247 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 C9orf24-201ENST00000297623 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 C8orf74-201ENST00000304519 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 HIST1H2AD-201ENST00000341023 393 ntAPPRIS P1 BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 CSHL1-203ENST00000346606 659 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 C9orf24-205ENST00000379133 712 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 PSME1-202ENST00000382708 1136 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 PTPA-218ENST00000435132 618 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 DCTD-213ENST00000510370 794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 AKIP1-210ENST00000534147 1022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 AC026495.1-203ENST00000557528 906 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 PRCD-210ENST00000592014 462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 CNN1-210ENST00000592923 1848 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 SLC39A8-201ENST00000356736 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 KIFC1-211ENST00000428849 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 MAPKAP1-202ENST00000350766 3256 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 FKBP4P6-201ENST00000457486 1332 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 ACSM2B-207ENST00000565232 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 ADCYAP1R1-204ENST00000409489 1761 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 PABPC4-203ENST00000372858 2753 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
TRIM28Q13263 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.6 ms