Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 833 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 FAM218A-201ENST00000513876 2175 ntAPPRIS P1 BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 SHMT2-202ENST00000414700 2006 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 RNF8-202ENST00000373479 5631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 CLIP2-203ENST00000395060 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 U82695.1-201ENST00000635752 1889 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 AKNA-206ENST00000374088 5464 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 DMTN-214ENST00000519907 2658 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 ATP2B3-202ENST00000349466 4280 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 KCNC2-202ENST00000350228 3344 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 SCAMP4-202ENST00000409472 2394 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 ANAPC11-213ENST00000577747 672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 TMEM97-205ENST00000583381 578 ntTSL 4 BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 RADIL-201ENST00000399583 3689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 ZBED1P1-201ENST00000502364 1930 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 PPIL2-202ENST00000398831 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 NR3C1-201ENST00000231509 3556 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 TGIF2-201ENST00000373872 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 SEMA4B-201ENST00000332496 3781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 DSEL-201ENST00000310045 9531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 GGT5-202ENST00000327365 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 JARID2-201ENST00000341776 5755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 SAR1A-204ENST00000373241 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 PABPC1-201ENST00000318607 3485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 CYP20A1-203ENST00000429815 1812 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 SEMA4F-210ENST00000611975 6007 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 KLHL13-207ENST00000540167 3396 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 SACM1L-201ENST00000389061 3723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 PLA2G2D-202ENST00000617227 1856 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 MEIOC-201ENST00000409122 4604 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 HNRNPU-226ENST00000640218 6858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 TKT-201ENST00000296289 1931 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 TPD52L2-206ENST00000358548 2275 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 AC013460.1-202ENST00000435062 2253 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 CCDC90B-202ENST00000455220 1550 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 WAC-AS1-202ENST00000528337 2608 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 UMODL1-AS1-201ENST00000329015 2141 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 PSMD14-201ENST00000409682 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 ASAH1-221ENST00000636128 1608 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 TTC28-AS1-212ENST00000433317 3080 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 MBD1-211ENST00000585595 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 TM4SF19-204ENST00000454715 1061 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 ALDH3A2-226ENST00000631291 3822 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 LINC01305-201ENST00000420866 3123 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 TMEM161A-206ENST00000587583 1654 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 NR3C1-203ENST00000394464 6795 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 GID4-201ENST00000268719 4237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 THUMPD3-AS1-202ENST00000468186 3253 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 PROSER3-202ENST00000396908 2149 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 LDLR-202ENST00000455727 2333 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 STAT1-203ENST00000392323 2723 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 AC099521.3-201ENST00000624251 2938 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 STEAP2-202ENST00000394621 7033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 ZNF747-202ENST00000395094 3504 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 LSS-202ENST00000397728 4936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 MBD1-217ENST00000588937 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 ILF3-AS1-201ENST00000591501 1983 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 DEPTOR-201ENST00000286234 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 ZNF576-201ENST00000336564 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 GFRA1-201ENST00000355422 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 AL158154.2-201ENST00000585776 2208 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 ASAP1-202ENST00000518721 5507 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 SLFNL1-204ENST00000372613 2654 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
IFT88Q13099 FLI1-201ENST00000281428 4151 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.4 ms