Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 COLQ-206ENST00000603808 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 FLAD1-201ENST00000292180 2160 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 AC138904.3-201ENST00000635780 2681 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 B3GAT1-201ENST00000312527 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 ALG9-201ENST00000398006 2345 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 TRMT10C-201ENST00000309922 1819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 IGHA1-202ENST00000641837 1310 ntAPPRIS P5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 PLPP3-201ENST00000371250 3292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 KCNT1-214ENST00000631073 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 ABHD16A-201ENST00000395952 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 RB1CC1-202ENST00000435644 6614 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 MIER1-208ENST00000401041 2552 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 HYAL2-201ENST00000357750 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 GYPC-201ENST00000259254 1246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 GSTO1-201ENST00000369710 900 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 LRP5L-201ENST00000402785 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 SYS1-203ENST00000414310 795 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 AL157935.1-209ENST00000415141 1105 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 TIMM17B-208ENST00000495490 939 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 C11orf98-202ENST00000525675 405 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 TBCB-211ENST00000589996 724 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 AC000095.1-201ENST00000603208 874 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 PCDHGC3-204ENST00000617222 731 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 DGKZ-205ENST00000456247 3482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 SSH3-203ENST00000376757 2990 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 LHFPL2-207ENST00000515007 4680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 INPPL1-207ENST00000538751 4656 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 FUT3-209ENST00000589918 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 RFX1-201ENST00000254325 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 FLOT2-201ENST00000394906 2756 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 TLE3-215ENST00000559048 2918 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 TMEM263-201ENST00000280756 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 CHRD-201ENST00000204604 3521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 AC126365.1-201ENST00000578585 1514 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 LINC00221-201ENST00000603633 1656 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 AC018716.2-201ENST00000528390 2597 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 NOMO2-203ENST00000543392 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 INPP5B-202ENST00000373023 4694 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 SEMA3B-212ENST00000616701 2958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 GHDC-203ENST00000428494 2518 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 TOB1-202ENST00000499247 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 ARHGAP23-221ENST00000620417 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 ATE1-209ENST00000543447 4826 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 LMAN1-201ENST00000251047 5521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 MAP3K4-202ENST00000366919 5397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 MUTYH-206ENST00000372115 1888 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 PAK1-210ENST00000528203 1878 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 NEDD4-202ENST00000435532 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 PER1-201ENST00000317276 4707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 ZFPM2-201ENST00000407775 4700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 TOR4A-201ENST00000357503 4148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 VCX-201ENST00000341408 677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 AQP7-204ENST00000379506 1062 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 RPL5P21-201ENST00000404620 815 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 RCHY1-210ENST00000513257 759 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 AC079296.1-201ENST00000531592 560 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 AC129507.1-201ENST00000570711 1013 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 EBAG9-209ENST00000614147 1179 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 AJ011932.1-201ENST00000621707 465 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 POLL-217ENST00000628479 1953 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 POM121-203ENST00000434423 3750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 CNST-203ENST00000366513 5126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 ROPN1-203ENST00000459660 1909 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 SCAP-215ENST00000545718 2950 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 TMEM30A-201ENST00000230461 4594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 GRAMD4-203ENST00000408031 2834 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 ALG12-201ENST00000330817 5350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 UBE3A-207ENST00000614096 8741 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 CLK3P2-201ENST00000427566 1453 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 TRNT1-201ENST00000251607 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 DBH-AS1-201ENST00000425189 2139 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 TBC1D1-219ENST00000615497 2383 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 ELFN1-201ENST00000424383 3845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 PCDHA4-203ENST00000530339 5251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 SMARCA2-203ENST00000349721 5761 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 MEG9-201ENST00000429368 2638 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 CTNND2-214ENST00000511377 4336 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 FAM156A-206ENST00000612915 2233 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 MAMSTR-201ENST00000318083 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 AC091951.1-201ENST00000512854 2465 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 EGLN3-201ENST00000250457 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 BORCS8-MEF2B-203ENST00000514819 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 STOML1-204ENST00000541638 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 TRPC4AP-201ENST00000252015 3226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 XRRA1-202ENST00000340360 5681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 NISCH-202ENST00000420808 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 CICP11-201ENST00000434745 2827 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms