Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AC010503.1-201ENST00000596027 520 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 PSMB6-205ENST00000614486 871 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 AL162426.1-201ENST00000624141 743 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 ABLIM2-203ENST00000361737 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 AP001372.2-201ENST00000526036 2493 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 IQCC-202ENST00000537469 2252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 NMNAT3-201ENST00000296202 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 CCDC43-202ENST00000457422 2058 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 PPP3CA-203ENST00000394854 4685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 BAIAP2-219ENST00000575245 2229 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 SLC17A7-204ENST00000600601 2237 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 KCNJ8-201ENST00000240662 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 CFAP36-201ENST00000339012 1373 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 NME7-201ENST00000367811 1642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 SHOX-202ENST00000381575 1351 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 TGFB1I1-203ENST00000394863 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 BRMS1-202ENST00000425825 1363 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 MSI2-204ENST00000442934 1624 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 FLII-221ENST00000578558 2377 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 AL158070.2-201ENST00000623713 1621 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 DHCR7-201ENST00000355527 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 RHOXF1-201ENST00000217999 769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 IGHV3-13-201ENST00000390602 430 ntAPPRIS P1 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 IGHV3-49-201ENST00000390625 439 ntAPPRIS P1 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 TMEM219-202ENST00000414689 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 AL021707.5-201ENST00000420118 461 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 ISCA2P1-201ENST00000425548 448 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 KLK11-204ENST00000453757 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 AL157935.2-201ENST00000476274 1071 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 TAPBP-241ENST00000489157 1299 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 EEF1D-218ENST00000526838 926 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 RTN3P1-201ENST00000536295 711 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 ADIG-204ENST00000537425 770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 SDR39U1-212ENST00000555365 976 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 TMEM219-204ENST00000566848 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 AC087045.2-201ENST00000606279 1003 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 MIR6756-201ENST00000616240 63 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 PCBP2-OT1-201ENST00000634357 590 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 WT1-203ENST00000379079 2466 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 CES4A-206ENST00000540579 1825 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 PARVB-204ENST00000406477 1569 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 ADIRF-AS1-201ENST00000418273 2627 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 GOLM1-203ENST00000388712 3046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 MAGEA1-201ENST00000356661 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 SLCO2B1-205ENST00000525650 2121 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 EEFSEC-202ENST00000483457 1859 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 SLC51A-201ENST00000296327 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 RAB1A-203ENST00000409784 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 ENC1-207ENST00000618628 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 ATP6V0E2-207ENST00000479613 1666 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 ERP29-203ENST00000546477 1698 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 ALOX12-201ENST00000251535 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 IDI2-AS1-201ENST00000420381 672 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 C9orf116-205ENST00000429260 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 AL109767.1-201ENST00000429450 564 ntTSL 4 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 CHID1-202ENST00000429789 1289 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 FAM153B-214ENST00000512862 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 SMIM23-202ENST00000523047 573 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 MIR4754-201ENST00000582477 89 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 AC061992.1-201ENST00000592569 777 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 NDUFB5-216ENST00000611971 951 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 Metazoa_SRP.65-201ENST00000615602 264 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 AL603764.1-201ENST00000636452 321 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 EPB41-205ENST00000373797 2402 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 FAN1-207ENST00000565466 2304 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 TMEM170A-207ENST00000569540 2331 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 IGHA2-202ENST00000497872 1320 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 SCML4-201ENST00000369020 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 SLC41A3-211ENST00000508835 1480 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 CHIA-201ENST00000343320 1624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 ADARB1-204ENST00000389863 3563 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC16.92■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 BX088651.4-201ENST00000435586 2579 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 CLCNKB-201ENST00000375667 2129 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 SH3PXD2B-203ENST00000519643 1394 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
COL6A1P12109 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.1 ms