Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC22■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC22■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC22■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
ATG4BQ9Y4P1 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC21.94■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC21.9■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
ATG4BQ9Y4P1 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
ATG4BQ9Y4P1 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
ATG4BQ9Y4P1 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
ATG4BQ9Y4P1 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
ATG4BQ9Y4P1 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
ATG4BQ9Y4P1 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
ATG4BQ9Y4P1 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
ATG4BQ9Y4P1 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
ATG4BQ9Y4P1 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.8 ms