Protein–RNA interactions for Protein: Q9P232

CNTN3, Contactin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CNTN3Q9P232 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CNTN3Q9P232 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CNTN3Q9P232 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CNTN3Q9P232 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CNTN3Q9P232 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CNTN3Q9P232 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CNTN3Q9P232 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CNTN3Q9P232 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CNTN3Q9P232 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
CNTN3Q9P232 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CNTN3Q9P232 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CNTN3Q9P232 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CNTN3Q9P232 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CNTN3Q9P232 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.3 ms