Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCAL1Q9NZC9 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 117.7 ms