Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC19.67■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC19.67■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC19.67■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC19.66■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC19.66■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.74
HOXA4Q00056 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC19.64■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC19.63■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.63■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC19.62■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC19.62■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC19.62■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.62■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC19.61■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.6■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC19.59■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.73
HOXA4Q00056 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
HOXA4Q00056 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC19.58■□□□□ 0.72
HOXA4Q00056 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC19.58■□□□□ 0.72
HOXA4Q00056 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.72
HOXA4Q00056 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
HOXA4Q00056 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
HOXA4Q00056 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
HOXA4Q00056 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
HOXA4Q00056 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
HOXA4Q00056 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
HOXA4Q00056 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
HOXA4Q00056 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
HOXA4Q00056 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
HOXA4Q00056 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
HOXA4Q00056 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
HOXA4Q00056 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
HOXA4Q00056 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms