Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
HDAC4P56524 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
HDAC4P56524 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms