Protein–RNA interactions for Protein: P20585

MSH3, DNA mismatch repair protein Msh3, humanhuman

Predictions only

Length 1,137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH3P20585 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH3P20585 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH3P20585 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH3P20585 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH3P20585 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH3P20585 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH3P20585 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH3P20585 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH3P20585 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH3P20585 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
MSH3P20585 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSH3P20585 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSH3P20585 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSH3P20585 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSH3P20585 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSH3P20585 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSH3P20585 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
MSH3P20585 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSH3P20585 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
MSH3P20585 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSH3P20585 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSH3P20585 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSH3P20585 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSH3P20585 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSH3P20585 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSH3P20585 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
MSH3P20585 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSH3P20585 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSH3P20585 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSH3P20585 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSH3P20585 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSH3P20585 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSH3P20585 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSH3P20585 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
MSH3P20585 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
MSH3P20585 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSH3P20585 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSH3P20585 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSH3P20585 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSH3P20585 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSH3P20585 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSH3P20585 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSH3P20585 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSH3P20585 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
MSH3P20585 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
MSH3P20585 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
MSH3P20585 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
MSH3P20585 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
MSH3P20585 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
MSH3P20585 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
MSH3P20585 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
MSH3P20585 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
MSH3P20585 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
MSH3P20585 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
MSH3P20585 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
MSH3P20585 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSH3P20585 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSH3P20585 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSH3P20585 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSH3P20585 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSH3P20585 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSH3P20585 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSH3P20585 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSH3P20585 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSH3P20585 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
MSH3P20585 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
MSH3P20585 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSH3P20585 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSH3P20585 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSH3P20585 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSH3P20585 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSH3P20585 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSH3P20585 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSH3P20585 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSH3P20585 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSH3P20585 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
MSH3P20585 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSH3P20585 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSH3P20585 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
MSH3P20585 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSH3P20585 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSH3P20585 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSH3P20585 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSH3P20585 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSH3P20585 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSH3P20585 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSH3P20585 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
MSH3P20585 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSH3P20585 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSH3P20585 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
MSH3P20585 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
MSH3P20585 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
MSH3P20585 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
MSH3P20585 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
MSH3P20585 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
MSH3P20585 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
MSH3P20585 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSH3P20585 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSH3P20585 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
MSH3P20585 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16 ms