Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SDC3O75056 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SDC3O75056 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SDC3O75056 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SDC3O75056 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SDC3O75056 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
SDC3O75056 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SDC3O75056 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SDC3O75056 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SDC3O75056 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SDC3O75056 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SDC3O75056 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SDC3O75056 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SDC3O75056 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SDC3O75056 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SDC3O75056 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SDC3O75056 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SDC3O75056 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
SDC3O75056 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SDC3O75056 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SDC3O75056 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SDC3O75056 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SDC3O75056 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SDC3O75056 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SDC3O75056 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SDC3O75056 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SDC3O75056 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SDC3O75056 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SDC3O75056 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
SDC3O75056 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SDC3O75056 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SDC3O75056 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SDC3O75056 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SDC3O75056 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SDC3O75056 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SDC3O75056 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SDC3O75056 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SDC3O75056 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SDC3O75056 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
SDC3O75056 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SDC3O75056 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SDC3O75056 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SDC3O75056 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SDC3O75056 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SDC3O75056 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SDC3O75056 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SDC3O75056 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SDC3O75056 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SDC3O75056 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SDC3O75056 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SDC3O75056 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SDC3O75056 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SDC3O75056 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SDC3O75056 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SDC3O75056 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SDC3O75056 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SDC3O75056 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SDC3O75056 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
SDC3O75056 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
SDC3O75056 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
SDC3O75056 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SDC3O75056 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SDC3O75056 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SDC3O75056 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SDC3O75056 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SDC3O75056 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SDC3O75056 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SDC3O75056 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SDC3O75056 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SDC3O75056 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SDC3O75056 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
SDC3O75056 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
SDC3O75056 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
SDC3O75056 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SDC3O75056 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SDC3O75056 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SDC3O75056 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
SDC3O75056 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SDC3O75056 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SDC3O75056 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SDC3O75056 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
SDC3O75056 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SDC3O75056 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SDC3O75056 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SDC3O75056 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SDC3O75056 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SDC3O75056 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SDC3O75056 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SDC3O75056 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SDC3O75056 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SDC3O75056 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SDC3O75056 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
SDC3O75056 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SDC3O75056 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SDC3O75056 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SDC3O75056 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SDC3O75056 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SDC3O75056 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC3O75056 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SDC3O75056 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms