Protein–RNA interactions for Protein: C9J1S8

TRIM49D1, Tripartite motif-containing protein 49D, humanhuman

Predictions only

Length 452 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM49D1C9J1S8 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRIM49D1C9J1S8 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRIM49D1C9J1S8 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM49D1C9J1S8 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM49D1C9J1S8 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM49D1C9J1S8 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM49D1C9J1S8 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM49D1C9J1S8 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM49D1C9J1S8 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM49D1C9J1S8 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM49D1C9J1S8 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM49D1C9J1S8 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM49D1C9J1S8 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM49D1C9J1S8 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM49D1C9J1S8 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM49D1C9J1S8 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM49D1C9J1S8 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM49D1C9J1S8 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM49D1C9J1S8 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.1 ms