Protein–RNA interactions for Protein: A0A0J9YXS1

NPHP3-ACAD11, NPHP3-ACAD11 readthrough (NMD candidate) (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 232 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC25.8■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.5 ms