Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 CBX3-203ENST00000409747 1717 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 RASAL3-201ENST00000343625 3293 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 TMC3-AS1-203ENST00000559781 2195 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 FMNL3-202ENST00000352151 4006 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 PITPNC1-203ENST00000580974 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 KCTD11-201ENST00000333751 2783 ntAPPRIS P1 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 SIN3B-206ENST00000595541 2767 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 PLK2-215ENST00000617412 2792 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 RTN4IP1-201ENST00000369063 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 COL17A1-202ENST00000369733 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 GGT5-203ENST00000398292 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 JADE2-201ENST00000282605 2748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 FAM83C-201ENST00000374408 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 ATP6V0E2-AS1-201ENST00000461019 2973 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 KLK6-203ENST00000391808 1478 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 ALDOA-226ENST00000569798 1499 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 LY6K-205ENST00000522591 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 KLHL42-201ENST00000381271 6703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 DRD5P1-201ENST00000456605 1438 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 TEX30-203ENST00000376022 828 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AL662890.1-201ENST00000396818 632 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 RBAK-RBAKDN-201ENST00000396904 766 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 RBAK-RBAKDN-202ENST00000407184 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AL160290.2-201ENST00000448347 831 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 HOMER2P2-201ENST00000451621 847 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AC004471.1-201ENST00000456035 582 ntTSL 4 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 SCARNA20.5-201ENST00000516991 142 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 ADM-202ENST00000524948 584 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 ACR-203ENST00000529621 708 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 IGHV3OR16-9-202ENST00000558425 288 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AC009133.1-202ENST00000563806 494 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AC025810.1-201ENST00000569986 981 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 YIF1B-216ENST00000592694 1181 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 LRRFIP1-201ENST00000244815 4370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 ANKRD33-202ENST00000340970 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AL121723.1-201ENST00000445194 1519 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 EDN3-205ENST00000395654 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 WASHC2C-202ENST00000359860 4471 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 BATF2-201ENST00000301887 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 ZFAND6-211ENST00000559157 1559 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CHSY3-201ENST00000305031 3850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CYB5R1-201ENST00000367249 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CYTL1-201ENST00000307746 1003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 LMO4-201ENST00000370542 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 MIR1202-201ENST00000408529 83 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AL121601.1-201ENST00000426367 326 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 FGF13-204ENST00000436198 1165 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AL157392.3-216ENST00000437446 462 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 DGCR5-204ENST00000440005 1299 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AL450003.2-201ENST00000450445 428 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AC004898.1-201ENST00000451057 766 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CHL1-AS2-203ENST00000452919 726 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 SLC45A2-204ENST00000509381 1040 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AP006547.1-201ENST00000563435 692 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AC008403.1-201ENST00000595676 443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AC011510.1-201ENST00000598541 286 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AC000095.1-201ENST00000603208 874 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AL445288.1-201ENST00000610846 654 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AC145423.3-201ENST00000615987 467 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 MIR6727-201ENST00000620702 65 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AC015967.2-201ENST00000624092 234 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AC006435.4-201ENST00000625037 234 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 AL356737.1-201ENST00000634391 234 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 ADGRA1-202ENST00000392607 4283 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 RUFY2-203ENST00000388768 4502 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 DIMT1-201ENST00000199320 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 PLA2G2D-202ENST00000617227 1856 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 USP27X-201ENST00000621775 2618 ntAPPRIS P1 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 ZSCAN10-201ENST00000252463 2463 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 PSEN2-211ENST00000626989 1972 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 ANKRD35-202ENST00000544626 3093 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 LEF1-216ENST00000510624 1472 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 COL23A1-202ENST00000407622 2329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 OSGIN2-202ENST00000451899 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 PLPPR4-203ENST00000457765 4846 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CYP2T1P-202ENST00000641596 2535 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 HDAC11-214ENST00000446613 2875 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
LIMD1Q9UGP4 CLSTN1-201ENST00000361311 4647 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35 ms