Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 MAPK7-204ENST00000395604 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 NUMBL-201ENST00000252891 3561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 PIP4K2C-207ENST00000550465 1532 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 SCN3B-201ENST00000299333 5665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 C18orf15-201ENST00000623680 2534 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 PLEKHG3-202ENST00000394691 4397 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 PPP3CA-207ENST00000512215 4007 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 TACR2-203ENST00000619173 1713 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 RUNX1-202ENST00000344691 7274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 DYSF-201ENST00000258104 6796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 DYSF-204ENST00000409582 6790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 DYSF-210ENST00000413539 6769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 RAD51D-203ENST00000394589 2287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 AC097376.2-205ENST00000610159 5334 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 AGGF1-204ENST00000506806 1142 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 MAD1L1-203ENST00000402746 2355 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 PPP1R26P4-201ENST00000619065 3527 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 CYB5D2-201ENST00000301391 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 NTNG1-208ENST00000370074 3048 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 TBCE-202ENST00000406207 2012 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 ATG4B-206ENST00000405546 3294 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 SIN3B-202ENST00000379803 5129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 RAB3IL1-201ENST00000301773 2125 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 HNRNPH1-201ENST00000329433 2114 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 PLD3-204ENST00000409281 2115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 FLOT2-201ENST00000394906 2756 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 SEC24D-202ENST00000419654 2786 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 CTBP1-AS2-205ENST00000578730 2757 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 ING1-203ENST00000375774 2870 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 USH1C-207ENST00000527720 2278 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 IL11RA-202ENST00000441545 1700 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 NBEA-203ENST00000379939 10738 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 ICA1-207ENST00000406470 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 CELP-203ENST00000624767 2414 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 ABCB8-201ENST00000297504 2487 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 TBC1D10A-203ENST00000403362 1833 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 SLC9A7-205ENST00000616978 10024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 C4orf19-201ENST00000284437 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 C12orf49-201ENST00000261318 8404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 CGB3-201ENST00000357383 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 CGB2-201ENST00000359342 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 PACSIN2-204ENST00000403744 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 TRIM67-201ENST00000366653 3936 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 PRPH-201ENST00000257860 3245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 TAF6-205ENST00000437822 2318 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 SYP-201ENST00000263233 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 TOR2A-202ENST00000373281 2477 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 ITGB4-206ENST00000579662 5554 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 KLK10-202ENST00000358789 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 AP3S2-216ENST00000617003 1561 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 PAK6-202ENST00000455577 4215 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 FARP1-214ENST00000595437 4926 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP6-204ENST00000380718 3632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 CCNDBP1-201ENST00000300213 3660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 ASF1A-201ENST00000229595 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 CCDC68-204ENST00000591504 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 FGD5P1-202ENST00000614866 2498 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 VPS9D1-201ENST00000389386 2748 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 NCKIPSD-204ENST00000416649 2925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 RBPMS-201ENST00000287771 2974 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 AC005281.1-201ENST00000433040 911 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 AC129926.1-201ENST00000581944 614 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC39Q9UFE4 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.3 ms