Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 RHCE-206ENST00000413854 1198 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ECSIT-203ENST00000417981 970 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 Z82214.2-201ENST00000420269 531 ntTSL 4 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 IGHV3OR16-16-201ENST00000563644 343 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC111170.2-201ENST00000585369 768 ntTSL 3 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC015936.2-201ENST00000593177 259 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 BRI3BPP1-201ENST00000594224 787 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 RDM1-220ENST00000616596 1032 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 RDM1-228ENST00000620284 1177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AL158212.4-201ENST00000624062 1286 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 RDX-201ENST00000343115 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 GPRIN1-201ENST00000303991 4211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 CALCB-202ENST00000523376 2258 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 LRRC57-202ENST00000397130 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TNFRSF13C-201ENST00000291232 3944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 BCL11B-201ENST00000345514 7603 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 LMNA-203ENST00000368297 1679 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 VEZF1-202ENST00000581208 2321 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ACTL8-201ENST00000375406 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 RSRP1-202ENST00000431849 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 FDPS-202ENST00000368356 1431 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 EPOP-201ENST00000621654 3719 ntAPPRIS P1 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SGSH-203ENST00000570923 1546 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 DHX36-201ENST00000308361 3487 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 CHMP1A-202ENST00000535997 2295 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 NEBL-203ENST00000417816 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 MRPL13-201ENST00000306185 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TSFM-201ENST00000323833 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 MIOX-203ENST00000395733 1021 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ZNF707-203ENST00000442058 562 ntTSL 4 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC009908.1-201ENST00000523030 412 ntTSL 3 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC123567.1-201ENST00000548294 1261 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AL133153.2-201ENST00000557524 303 ntTSL 3 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TMEM170A-203ENST00000566980 547 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC100803.3-201ENST00000606664 2961 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TEX48-202ENST00000612244 662 ntTSL 3 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SLC3A2-204ENST00000377891 2222 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AL158154.2-201ENST00000585776 2208 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PCYOX1L-201ENST00000274569 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TRPV4-204ENST00000536838 2514 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 COLEC11-209ENST00000418971 1595 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PPIL2-212ENST00000626352 2625 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 FGFR1OP2-201ENST00000229395 2924 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SMURF2-201ENST00000262435 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 LSS-205ENST00000457828 4390 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 CERNA1-202ENST00000560518 1972 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AP000704.1-201ENST00000637940 2182 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PPT1-215ENST00000641471 2368 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 EXOG-201ENST00000287675 2792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 OSTF1-201ENST00000346234 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC009802.1-201ENST00000637973 1609 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 FOXH1-201ENST00000377317 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC073347.1-201ENST00000421633 2643 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 NRCAM-217ENST00000613830 3025 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PDS5A-201ENST00000303538 7176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TFAP2C-201ENST00000201031 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 RPS19-206ENST00000598742 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AKIP1-202ENST00000309357 1232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 USP40-206ENST00000443711 628 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 DUSP13-205ENST00000464872 684 ntTSL 3 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PARP8-206ENST00000503665 572 ntTSL 4 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 STARD4-205ENST00000505803 803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 STARD4-207ENST00000509887 1186 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SDHAP3-202ENST00000515467 728 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AP000721.1-201ENST00000535431 559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 LINC01975-201ENST00000571890 549 ntTSL 4 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 OCEL1-213ENST00000601529 942 ntTSL 3 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 MFSD14B-201ENST00000375344 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 KCNC1-202ENST00000379472 7965 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SLC7A4-201ENST00000382932 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SLC43A2-201ENST00000301335 8136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 LINC01978-202ENST00000574526 1540 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PPP2R5D-208ENST00000485511 3044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TKT-202ENST00000423516 2075 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 MLKL-202ENST00000308807 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 USH1C-202ENST00000318024 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SH2D3C-206ENST00000429553 2794 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SERPINF2-203ENST00000450523 1462 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 KCNT1-206ENST00000486577 3760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 HIPK4-201ENST00000291823 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 MGME1-202ENST00000377709 1936 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.7 ms