Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 HSD17B6-206ENST00000555159 1525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 MYLK3-202ENST00000536476 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 LINC00612-201ENST00000538094 2213 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 CHRNA1-205ENST00000409542 1460 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 GYG2-201ENST00000353656 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 RHBDD2-203ENST00000428119 1274 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 TPT1P6-201ENST00000458298 514 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 IGHEP2-201ENST00000519308 1256 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 AAMDC-207ENST00000527134 693 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 GOLGA2P7-209ENST00000560408 745 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 AC008972.2-201ENST00000606587 494 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 FXYD6-FXYD2-202ENST00000614497 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 LAP3-211ENST00000618908 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 PRKAB1-210ENST00000630317 258 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 CTSL-201ENST00000340342 1436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 STAT6-225ENST00000640254 2037 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 TGIF1-201ENST00000330513 1980 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 NECTIN1-203ENST00000341398 1377 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 THOC5-203ENST00000397872 2676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 COLQ-202ENST00000383786 1482 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 AC012507.1-201ENST00000454890 600 ntTSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 LINC02352-201ENST00000557928 468 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 TMEM198B-201ENST00000471276 1958 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 USP37-202ENST00000338465 1771 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 GPR61-206ENST00000616874 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 UBXN11-202ENST00000357089 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 WIPI1-201ENST00000262139 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 LINC00866-201ENST00000427379 418 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 KRT18P46-201ENST00000435568 1279 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 FOXP4-AS1-205ENST00000454812 575 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 USP32P3-202ENST00000583574 611 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 AC010632.2-201ENST00000588369 1224 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 AC002044.2-201ENST00000624910 970 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 LINC00334-203ENST00000638500 1377 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 HDDC2-202ENST00000398153 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 RN7SKP175-201ENST00000408472 289 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 BANF1P3-201ENST00000412556 261 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 RPL35P9-201ENST00000446059 350 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 DPY19L2P5-201ENST00000456300 331 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 CD63-214ENST00000552692 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 MIR4640-201ENST00000581824 90 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 AC138466.3-201ENST00000619983 221 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 LINC01746-201ENST00000621390 449 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 ACAP1-201ENST00000158762 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 CKMT2-202ENST00000424301 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 AC013726.1-201ENST00000563747 2285 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 SLC18B1-201ENST00000275227 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 NMNAT3-201ENST00000296202 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 LLGL2-201ENST00000167462 3480 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 TMA16-204ENST00000508268 608 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 CCNC-217ENST00000523985 958 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 AC073896.4-201ENST00000553176 403 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 PPHLN1-223ENST00000610488 1521 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 AP003680.1-201ENST00000598970 3660 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 IL12A-201ENST00000305579 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 GGTLC4P-201ENST00000402176 664 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 Z82185.1-201ENST00000417792 549 ntTSL 4 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 ACTG1P19-201ENST00000418987 1116 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 RPS18P9-201ENST00000482817 460 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 RNF103-CHMP3-202ENST00000604011 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 Metazoa_SRP.210-201ENST00000637921 244 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 AC011840.2-201ENST00000563063 1520 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 IFNA2-201ENST00000380206 1135 ntAPPRIS P1 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 AL355537.2-201ENST00000453367 375 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
COL6A3P12111 PRMT2-216ENST00000621201 1301 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33 ms