Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 AC010328.2-201ENST00000597698 1111 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 SPATA21-206ENST00000612240 603 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 TMEM179-205ENST00000615704 636 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 AC138951.2-201ENST00000623455 1161 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 AL645728.2-202ENST00000641679 227 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 LITAF-201ENST00000339430 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 TRPM2-AS-202ENST00000456880 2056 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 SUSD4-204ENST00000366878 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 WDR6-222ENST00000615452 1949 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 PELI3-209ENST00000618547 2508 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 CYP2E1-201ENST00000252945 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 AC022188.1-201ENST00000620960 1664 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 PIKFYVE-202ENST00000308862 1640 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 LOX-206ENST00000639739 1626 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 LOXL3-203ENST00000409249 2431 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 ANP32A-203ENST00000465139 2440 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 ZIC5-201ENST00000267294 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 TRNT1-201ENST00000251607 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 RRBP1-208ENST00000470422 2070 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 ALDOA-225ENST00000569545 1359 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 FDFT1-224ENST00000618539 2660 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 HPCAL1-202ENST00000381765 1904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 PRM2-201ENST00000241808 680 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 B9D1-201ENST00000261499 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 PFDN5-202ENST00000334478 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 GABARAPL2-201ENST00000037243 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 BEX2-202ENST00000372677 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 C9orf16-201ENST00000372994 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 B9D1-203ENST00000395615 805 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 MASP2-202ENST00000400898 726 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 DRGX-202ENST00000434016 955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 PRM2-202ENST00000435245 723 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 CR589904.1-201ENST00000437830 732 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 XXYLT1-AS1-201ENST00000458531 431 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 CENPM-208ENST00000472374 541 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 UEVLD-212ENST00000541984 755 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 AC078819.1-201ENST00000547454 765 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 AC012085.1-201ENST00000548270 765 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 AC091891.1-201ENST00000560688 688 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 AC010491.1-202ENST00000567048 528 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 RN7SL219P-201ENST00000582872 296 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 AC008805.2-201ENST00000590069 435 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 MIR6869-201ENST00000619434 62 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 WDR45-230ENST00000634559 1192 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 PDAP1-201ENST00000350498 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 AL035460.1-201ENST00000380593 1866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 PHYH-203ENST00000396920 1829 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 DDX19B-203ENST00000393657 1717 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 GATA4-201ENST00000335135 3414 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 ASCC3-207ENST00000522650 2828 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 CLYBL-203ENST00000376355 6771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 KCNJ2-202ENST00000535240 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 FHL1-207ENST00000394155 2706 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 MLXIP-201ENST00000319080 8427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 SLC34A1-201ENST00000324417 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 NDUFV1-202ENST00000415352 1512 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 BBS5-201ENST00000295240 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 WDR81-206ENST00000446363 2968 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 RSPO1-203ENST00000612451 2463 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 LINC00593-202ENST00000560853 1483 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 STIM2-203ENST00000467011 3925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 SUPT20HL2-201ENST00000486479 2409 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 SCPEP1-201ENST00000262288 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 FOS-202ENST00000535987 1402 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 FAM230B-201ENST00000415376 1859 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 AC008079.1-201ENST00000434390 1859 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 AC009053.1-201ENST00000566802 2320 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 AC127383.1-201ENST00000444697 1800 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 DHFR-201ENST00000439211 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 ZMIZ1-205ENST00000611351 2196 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 EMC4-201ENST00000249209 852 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 CDK2-202ENST00000354056 1260 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 IGLV4-69-201ENST00000390282 419 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 BRWD1P1-201ENST00000401091 371 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 AC092614.1-201ENST00000419640 909 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 AL139158.2-202ENST00000428151 573 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 U82695.1-202ENST00000428676 700 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 AC004066.1-201ENST00000502488 802 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 RNA5SP486-201ENST00000515961 83 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 TNNT1-212ENST00000588981 1163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 INO80C-210ENST00000590757 595 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 AL160412.1-202ENST00000616819 663 ntTSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 ARID1B-222ENST00000637003 1290 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 UBE2R2-201ENST00000263228 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXC11O43248 AMT-224ENST00000635808 1610 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62 ms