Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 FRMD6-AS1-201ENST00000617151 2229 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AL161772.1-201ENST00000610494 4412 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ADRB3-201ENST00000345060 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PPDPF-201ENST00000370177 627 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 RPF1-202ENST00000370656 724 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 GBGT1-202ENST00000372038 847 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ITIH1-202ENST00000405128 1122 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 NCBP2-203ENST00000422610 676 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 KIF9-205ENST00000432493 633 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 Z94721.1-201ENST00000444102 385 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 LINC01939-201ENST00000445279 694 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 KLF2P4-201ENST00000451959 1225 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CTBP2P5-201ENST00000454986 1264 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AL160313.1-201ENST00000502101 1039 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AL390726.5-201ENST00000562942 871 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 LINC01663-201ENST00000614596 535 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 USP35-203ENST00000529308 4216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 COL4A1-204ENST00000543140 2547 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AGFG1-202ENST00000373671 1669 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 LMX1B-201ENST00000355497 5809 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 CPSF1-213ENST00000620219 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 ZNF70-201ENST00000341976 6924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 PDIA3P1-201ENST00000471856 1510 ntBASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 CCAR2-201ENST00000308511 4853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 HAGH-202ENST00000397356 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 TXNRD2-214ENST00000491939 2238 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 ASAH1-254ENST00000637636 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 FBP1-203ENST00000415431 1487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 OSBP2-201ENST00000332585 4340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 CIART-203ENST00000369095 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 TOB2-201ENST00000327492 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 INPP5D-201ENST00000359570 5274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 CBS-202ENST00000359624 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 CBSL-203ENST00000618024 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 RFWD2-204ENST00000367669 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 REXO1L1P-202ENST00000608646 1974 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 KLC1-206ENST00000389744 3250 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 PPHLN1-204ENST00000358314 1643 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 MAMLD1-203ENST00000370401 4854 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SCUBE2-202ENST00000450649 2912 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 FLT3LG-201ENST00000204637 1046 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 NPY-201ENST00000242152 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SHBG-202ENST00000380450 1271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 PCDH1-203ENST00000394536 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SOCS2P1-201ENST00000417727 557 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SGK2-207ENST00000426287 1182 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AL354761.2-202ENST00000430816 546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC016683.1-202ENST00000438409 583 ntTSL 4 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 MFF-223ENST00000524634 647 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 ENPP7P5-201ENST00000541031 1031 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 XRCC3-210ENST00000554974 575 ntTSL 4 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 CHRNA5-203ENST00000559554 1051 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC027601.2-201ENST00000571085 805 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC108134.3-202ENST00000571404 1207 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC012615.4-201ENST00000586694 607 ntTSL 4 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AL049840.4-201ENST00000602422 811 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 TMEM53-204ENST00000372243 1579 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 PRDM6-201ENST00000407847 9267 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SRD5A2-201ENST00000622030 4648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SGSH-203ENST00000570923 1546 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 PDE6G-204ENST00000573076 1505 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 ATP6V1B1-202ENST00000412314 1805 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 GEM-202ENST00000396194 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 TRIM9-202ENST00000338969 3312 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 ARF6-201ENST00000298316 3865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF28-202ENST00000296799 4424 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 LSMEM2-201ENST00000316436 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 RECQL4-209ENST00000617875 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 CYP1B1-205ENST00000610745 5250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 LINC01185-202ENST00000452343 1705 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 PIGQ-201ENST00000026218 2846 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 COL11A2-202ENST00000361917 6104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 IER5-201ENST00000367577 4188 ntAPPRIS P1 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 TUBA1C-201ENST00000301072 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 FAM172A-204ENST00000505869 1387 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SPINT1-202ENST00000562057 2456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 RALYL-208ENST00000522455 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 MEF2D-201ENST00000348159 5965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SLCO2B1-205ENST00000525650 2121 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 CEACAM16-201ENST00000405314 1583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 BTD-207ENST00000449107 1820 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 LIMS2-208ENST00000410011 2335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0E2-212ENST00000611515 2565 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 TSFM-201ENST00000323833 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 RPL28-203ENST00000428193 573 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 BCRP2-202ENST00000447763 634 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC103563.7-201ENST00000448734 478 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC106886.2-201ENST00000483578 883 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 BCRP6-201ENST00000510112 632 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 BCRP7-201ENST00000511549 544 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 MTX3-202ENST00000512528 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AP001360.1-202ENST00000526934 479 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms