Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 DUSP13-212ENST00000605915 1015 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 PEX11B-201ENST00000369306 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 PVR-203ENST00000403059 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 CERK-201ENST00000216264 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 ZNF286A-218ENST00000583566 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 AIFM2-204ENST00000613322 3247 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 SEC24D-202ENST00000419654 2786 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 NRBF2-201ENST00000277746 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 ZNF628-203ENST00000598519 3847 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 MAP2K7-201ENST00000397979 3361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 AQP1-201ENST00000311813 2913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 SLC4A2-214ENST00000485713 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 AIFM2-202ENST00000373248 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 MICALL1-201ENST00000215957 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 AC073082.1-201ENST00000602369 2103 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 EIF2B4-205ENST00000445933 1608 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 GRN-201ENST00000053867 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 AL928970.1-201ENST00000422679 2923 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 SPIRE1-201ENST00000309836 1877 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 SLC25A4-201ENST00000281456 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 ACRV1-201ENST00000315608 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 SPEM1-201ENST00000323675 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 RAB17-204ENST00000409822 1077 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 PSMA8-203ENST00000415576 1280 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 C1orf210-201ENST00000423420 629 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 USP40-206ENST00000443711 628 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 PPP6R2P1-201ENST00000450880 1275 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 GREB1-205ENST00000389825 1315 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 E2F6-211ENST00000542100 3450 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 NUMBL-201ENST00000252891 3561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 MFRP-205ENST00000619721 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 E2F6-202ENST00000381525 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 KCNMA1-261ENST00000639486 8850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 CADPS2-205ENST00000449022 4073 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 LINC00552-201ENST00000625151 2579 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 KCTD1-203ENST00000417602 1705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 RUNX1-201ENST00000300305 6222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 CDH24-202ENST00000397359 3552 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 PHACTR3-204ENST00000371015 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 DDIAS-203ENST00000525361 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 ACSS2-202ENST00000360596 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 NEK7-202ENST00000367385 4149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 GABARAPL1-218ENST00000546017 2294 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 MYADML2-201ENST00000409745 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 SLED1-202ENST00000512051 380 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 MOB3A-209ENST00000592280 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 AL033527.5-202ENST00000641632 1098 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 CDC42EP4-202ENST00000439510 2879 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 LMNA-201ENST00000347559 3137 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 AC007686.3-201ENST00000619017 3487 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 DUOX1-202ENST00000389037 5483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 FOXRED1-213ENST00000532125 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 AC018755.2-201ENST00000599649 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 FXYD6-201ENST00000260282 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 WDTC1-202ENST00000361771 4275 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 MBD1-209ENST00000398495 2178 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 HYAL1-209ENST00000618175 2225 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 TAF6-201ENST00000344095 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 ZNF18-201ENST00000322748 2767 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 FAM149A-202ENST00000356371 2997 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 MAPK7-202ENST00000308406 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 YTHDC1-202ENST00000355665 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 GTF2IRD1-203ENST00000455841 3315 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 MTRF1L-201ENST00000367230 3431 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 OVCH1-AS1-204ENST00000641955 5529 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 IL9R-201ENST00000244174 1944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 ERG28-201ENST00000256319 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 KREMEN1-201ENST00000327813 2719 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 DGAT2L6-201ENST00000333026 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 BPGM-201ENST00000344924 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 CYB561-203ENST00000392976 3151 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
USP28Q96RU2 AL121753.1-201ENST00000444717 529 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.5 ms