Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 RBPJ-205ENST00000355476 5990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 GEM-202ENST00000396194 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 ITSN1-204ENST00000381285 6107 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 GRN-214ENST00000589265 1632 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 LINC01215-201ENST00000607746 2592 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 DUSP13-203ENST00000372702 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 HNRNPA3-201ENST00000392524 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 PCDHA10-201ENST00000307360 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 MUTYH-234ENST00000528013 1662 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 COL4A1-204ENST00000543140 2547 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 GLS2-217ENST00000623608 2518 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SCART1-206ENST00000640237 4351 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 FAM109A-203ENST00000547838 2846 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AASDHPPT-201ENST00000278618 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 NINJ2-201ENST00000305108 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 ADAMTSL1-208ENST00000380570 931 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 BCYRN1-201ENST00000418539 200 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AF274855.1-203ENST00000424126 800 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 MDM2-215ENST00000428863 1037 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC113608.2-201ENST00000448379 487 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC245100.5-201ENST00000452108 331 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC007551.1-201ENST00000457394 519 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 CD74-212ENST00000524315 584 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC010491.1-202ENST00000567048 528 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC103810.3-201ENST00000583567 96 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 LGR6-205ENST00000439764 2487 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 ESPNL-201ENST00000343063 4836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 FGF11-201ENST00000293829 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 MPPE1-201ENST00000309976 1636 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 HPCAL1-207ENST00000620771 1941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 TIMM44-201ENST00000270538 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AL603832.2-201ENST00000566195 2125 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TC2N-201ENST00000340892 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 MSC-AS1-208ENST00000522519 1537 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 DHPS-201ENST00000210060 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TNIP1-202ENST00000389378 2935 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 GPC1-201ENST00000264039 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 KLHL36-204ENST00000564996 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 PLPPR4-203ENST00000457765 4846 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TTYH2-206ENST00000529107 2015 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 GSAP-201ENST00000257626 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 LENG8-208ENST00000610347 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 LRRFIP1-201ENST00000244815 4370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TLE6-202ENST00000452088 1883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 WDR74-205ENST00000525752 1724 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 LITAF-201ENST00000339430 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 CIART-203ENST00000369095 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 PNMA3-202ENST00000593810 1432 ntAPPRIS P1 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 EPHA10-203ENST00000427468 3167 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 CARTPT-201ENST00000296777 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC018467.1-201ENST00000421581 717 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 HIST2H2BA-202ENST00000430394 752 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 KCNQ1-AS1-201ENST00000440887 1084 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TARDBPP1-201ENST00000442013 1203 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 GNLY-210ENST00000524600 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AP001889.1-201ENST00000525414 633 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC079316.1-201ENST00000548397 411 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 GCHFR-203ENST00000558670 412 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TUBB6-213ENST00000591909 1017 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 COX6B1-204ENST00000592141 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AL354740.1-203ENST00000593917 424 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 RAB11B-202ENST00000594216 894 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC006449.3-201ENST00000620144 563 ntTSL 4 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 RIC8A-217ENST00000626818 159 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 DIABLO-208ENST00000464942 2569 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 INA-201ENST00000369849 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 DMRTC2-201ENST00000269945 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 JPH4-202ENST00000397118 4386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 GLUL-201ENST00000311223 4719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 PRDM8-201ENST00000339711 4095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC132872.4-202ENST00000622924 2756 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ALDOA-226ENST00000569798 1499 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC126755.1-201ENST00000525846 6405 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ARVCF-204ENST00000406522 2682 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ELFN2-201ENST00000402918 8361 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 MAGEA2-208ENST00000623438 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 LCMT2-202ENST00000567039 1545 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 FAM53B-202ENST00000337318 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TRIM67-202ENST00000444294 9320 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 SLFNL1-203ENST00000372611 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ST3GAL2-201ENST00000342907 4450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TACR2-203ENST00000619173 1713 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 C9orf78-201ENST00000372447 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
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