Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 LINC01067-201ENST00000432575 664 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 AC099754.1-201ENST00000435884 454 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 LINC01336-201ENST00000503568 534 ntTSL 4 BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 SPDYE16-201ENST00000515340 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 EHF-205ENST00000527935 557 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 AC017083.2-201ENST00000608069 979 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 IFNL3-202ENST00000613087 734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 CU634019.7-201ENST00000624153 1185 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 FP236241.2-201ENST00000624906 1185 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 SIGLEC7-202ENST00000317643 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 MAPKAP1-202ENST00000350766 3256 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 MFSD4B-201ENST00000368847 5958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 TLE2-203ENST00000443826 2238 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 PKP4-AS1-203ENST00000629904 1951 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 AGFG1-202ENST00000373671 1669 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 MYB-201ENST00000316528 3571 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 MYB-241ENST00000616088 3573 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 PLXNC1-201ENST00000258526 7346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 AL445931.1-201ENST00000412181 2112 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 ZNF398-203ENST00000483892 2121 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 CYP2U1-201ENST00000332884 4944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 CELF4-202ENST00000361795 1853 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 HHATL-205ENST00000441594 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 LINC00554-201ENST00000564841 3011 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 NRIP1-203ENST00000400202 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 MON1B-203ENST00000545553 1814 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 SH3BP4-203ENST00000409212 5231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 ATP6V1C2-201ENST00000272238 1565 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 LGR6-205ENST00000439764 2487 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 PTK6-202ENST00000542869 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 RWDD1-202ENST00000466444 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 KLHL36-204ENST00000564996 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 AFTPH-201ENST00000238855 4113 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 CLCN6-207ENST00000376497 814 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 MIR658-201ENST00000385210 100 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 MAGEA12-203ENST00000393900 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 SUMF2-205ENST00000413756 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 VDAC1P7-201ENST00000462417 847 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 DUSP13-205ENST00000464872 684 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 SNX29P1-201ENST00000548357 1007 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 SLC38A7-207ENST00000564391 731 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 TMEM170A-203ENST00000566980 547 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 ACAP1-208ENST00000574499 412 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 MIR4313-201ENST00000580760 101 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 AC079336.1-201ENST00000583156 420 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 MIR4259-201ENST00000584466 101 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 AC133539.2-201ENST00000604757 467 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 DUSP13-212ENST00000605915 1015 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 ABBA01031660.1-201ENST00000635219 756 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 AC097376.2-201ENST00000608661 2510 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 KIFC1-211ENST00000428849 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 CANT1-211ENST00000591773 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 TMTC2-203ENST00000548305 2682 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 KRT8P22-201ENST00000562317 1415 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 TAF15-205ENST00000603777 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 TOMM40-207ENST00000592434 3415 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 PTPN13-204ENST00000436978 8573 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 NPHP3-201ENST00000337331 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 SYNM-201ENST00000328642 3960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 CCDC155-201ENST00000447857 2378 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 RHOC-201ENST00000285735 2199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 DIDO1-201ENST00000266070 8574 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 AC011477.6-201ENST00000604980 1927 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 AC069224.1-201ENST00000566372 1715 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 AL121723.1-201ENST00000445194 1519 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 FLJ16779-201ENST00000612722 7638 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 CACNA2D2-203ENST00000423994 5329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 RASA4-204ENST00000462172 2634 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 XKR7-201ENST00000562532 7844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 FBP1-203ENST00000415431 1487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 VCX-201ENST00000341408 677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 MRPL36-204ENST00000508987 686 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 C12orf10-204ENST00000548632 988 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 LYSMD2-204ENST00000560491 1026 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 AC106886.1-201ENST00000568660 600 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 C17orf62-239ENST00000585080 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 FLT3LG-205ENST00000596435 1034 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 AL049840.4-201ENST00000602422 811 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 KISS1-202ENST00000625357 435 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 FRA10AC1-201ENST00000359204 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 AC009802.1-201ENST00000637973 1609 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.6 ms