Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 ADAMTS13-206ENST00000371929 4934 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SMURF2-201ENST00000262435 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 CDC42-203ENST00000400259 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 DGKZ-205ENST00000456247 3482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SLC22A6-204ENST00000458333 1521 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 RCL1-204ENST00000381750 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 TRIM13-204ENST00000420995 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 MCF2L-232ENST00000535094 3752 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SLC18A1-207ENST00000519026 1980 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 GRAMD1C-201ENST00000358160 4177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 NR1H3-235ENST00000616973 1919 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 CREB3L2-204ENST00000456390 2360 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 RXRA-202ENST00000481739 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 PARD6G-201ENST00000353265 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TFF2-201ENST00000291526 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AC093423.3-201ENST00000370453 654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 FLG-AS1-204ENST00000420707 906 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 DIRC3-201ENST00000423123 552 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 HMGN1P19-201ENST00000436976 333 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 GNAQP1-201ENST00000444815 1067 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TMEM161B-AS1-202ENST00000501715 1101 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AC015712.4-202ENST00000558641 1007 ntTSL 4 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AJ011932.1-201ENST00000621707 465 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 DMTN-209ENST00000517600 1569 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AP002360.1-202ENST00000530460 2462 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 HNF1B-207ENST00000621123 1971 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 B3GAT1-201ENST00000312527 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 CYP2U1-201ENST00000332884 4944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TOM1-209ENST00000447733 2317 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 SYDE1-204ENST00000600440 3058 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ASAH1-249ENST00000637528 2215 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 FEM1C-201ENST00000274457 5816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AC023024.1-201ENST00000558838 2590 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 MGME1-201ENST00000377704 1781 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TMEM139-205ENST00000410004 2114 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TMBIM7P-203ENST00000641617 1718 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 RPL18A-201ENST00000222247 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 LINC01336-202ENST00000506086 479 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AC079296.1-201ENST00000531592 560 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TIMM17BP1-201ENST00000545713 516 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 OIP5-AS1-209ENST00000561226 775 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AC004771.3-201ENST00000574260 551 ntTSL 4 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 DNASE2-201ENST00000222219 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 SIGLEC10-201ENST00000339313 2256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TAF6-209ENST00000452041 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 PRICKLE1-211ENST00000639566 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 UVSSA-206ENST00000507531 2597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ACTL8-201ENST00000375406 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TM6SF2-201ENST00000389363 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 CNN1-210ENST00000592923 1848 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 GLIDR-204ENST00000638724 1765 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ARVCF-201ENST00000263207 4041 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TSC2-207ENST00000439673 5287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 GNAL-202ENST00000334049 6535 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ACOX3-202ENST00000413009 2374 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 FBXO44-204ENST00000376762 1734 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 RGP1-201ENST00000378078 7018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 LINC00996-201ENST00000477392 2043 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TUBB-206ENST00000330914 2632 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 CHRDL1-204ENST00000444321 1658 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 MAGEA2-202ENST00000598543 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TMA16-201ENST00000358572 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AP001122.1-202ENST00000501648 1916 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 RPS28-203ENST00000600659 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ELMO3-201ENST00000360833 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ELF2-201ENST00000358635 3036 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TOMM22P5-201ENST00000416399 439 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 WDR53-203ENST00000429115 683 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AL109811.2-201ENST00000447600 487 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TSPY16P-201ENST00000449843 468 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ZNF302-207ENST00000505365 2955 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 SERBP1P5-201ENST00000510079 1181 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 C8orf88-201ENST00000517562 894 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 PNOC-204ENST00000522209 1007 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 MYMX-202ENST00000576476 682 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AC144831.1-201ENST00000573312 2656 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 RUNDC3B-202ENST00000338056 4099 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 CBARP-204ENST00000590083 4261 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.9 ms