Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AC007326.5-201ENST00000640084 1382 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 C15orf61-201ENST00000342683 4253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 ZP3-201ENST00000336517 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 RAPSN-203ENST00000524487 1462 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 TUBA3E-201ENST00000312988 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 WSCD1-208ENST00000573634 1573 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 ZFP41-201ENST00000330701 4797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 FADS2-210ENST00000522056 1689 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 UCHL5-206ENST00000367455 5327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 ANKRD33-201ENST00000301190 1935 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 PDGFRL-203ENST00000541323 1905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 DUSP6-202ENST00000308385 1959 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 ZNF620-202ENST00000418905 2022 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AC091100.1-201ENST00000558424 2354 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 B3GLCT-201ENST00000343307 4254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 TRIM14-201ENST00000341469 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 OVCH1-AS1-204ENST00000641955 5529 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 MAP3K11-201ENST00000309100 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 RUSC1-205ENST00000368354 3114 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 MARK3-204ENST00000416682 2969 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 OTX1-201ENST00000282549 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 OTX1-202ENST00000366671 2861 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 THEMIS2-202ENST00000373921 2687 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SPRY1-207ENST00000610581 2608 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 HNRNPF-201ENST00000337970 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 L2HGDH-202ENST00000267436 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 RUNX1-201ENST00000300305 6222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 TGFB1I1-203ENST00000394863 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 PHYH-203ENST00000396920 1829 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SIGLEC7-202ENST00000317643 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 PCDHA12-201ENST00000398631 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 RBPMS2-202ENST00000560606 1746 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 C9orf172-201ENST00000436881 4387 ntAPPRIS P1 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 ACTL9-201ENST00000324436 1426 ntAPPRIS P1 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SIX5-204ENST00000622857 1401 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 DNAJA4-206ENST00000446172 1399 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 RPS5-201ENST00000196551 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 TM4SF19-201ENST00000273695 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AL096814.1-202ENST00000372963 647 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AL669970.3-201ENST00000435284 428 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AC002310.2-201ENST00000486926 950 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 IL32-211ENST00000525643 1272 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 IL32-213ENST00000528163 950 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 IL32-231ENST00000551513 791 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 IGHV3OR16-13-201ENST00000562905 353 ntAPPRIS P1 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 HCFC1R1-203ENST00000572355 610 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 RNA5-8SN1-201ENST00000610460 153 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 RNA5-8SN5-202ENST00000612463 153 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 RNA5-8SN4-201ENST00000613359 153 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 RNA5-8SN5-201ENST00000619471 153 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 C11orf53-203ENST00000637637 1049 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 HACE1-201ENST00000262903 4576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 CNOT8-202ENST00000403027 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 GATA4-206ENST00000528712 2614 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 PDE4C-202ENST00000355502 5979 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 LDLR-204ENST00000545707 2429 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SMARCD2-202ENST00000323347 1935 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SLC2A4-204ENST00000571308 1768 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SEC14L4-204ENST00000381982 1603 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SLCO5A1-203ENST00000524945 3725 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 FOLH1-201ENST00000256999 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 LONP1-213ENST00000590729 2626 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 P3H1-202ENST00000296388 2585 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 CAAP1-206ENST00000625311 1532 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 HYAL1-201ENST00000266031 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 OXA1L-203ENST00000412791 1440 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SRRM2-201ENST00000301740 9353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 GREB1-205ENST00000389825 1315 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 CCDC182-201ENST00000299415 832 ntAPPRIS P1 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 MRPL55-202ENST00000336300 722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 MRPL55-206ENST00000366732 722 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 LRP5L-201ENST00000402785 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AC093151.3-201ENST00000425554 623 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 NEK11-210ENST00000510769 2149 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 TMEM101-204ENST00000587529 965 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SRD5A3P1-201ENST00000603021 949 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SEPT11-206ENST00000505788 2079 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 CDH1-202ENST00000422392 2567 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 FLAD1-205ENST00000368431 1803 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 MAGEA12-202ENST00000393869 1761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 ASIC1-202ENST00000447966 3778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.5 ms