Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC21.66■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
KLHL28Q9NXS3 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
KLHL28Q9NXS3 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
KLHL28Q9NXS3 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms