Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
CCL28Q9NRJ3 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
CCL28Q9NRJ3 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.6 ms