Protein–RNA interactions for Protein: Q9BSE4

HERPUD2, Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERPUD2Q9BSE4 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HERPUD2Q9BSE4 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HERPUD2Q9BSE4 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HERPUD2Q9BSE4 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HERPUD2Q9BSE4 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HERPUD2Q9BSE4 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HERPUD2Q9BSE4 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
HERPUD2Q9BSE4 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HERPUD2Q9BSE4 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HERPUD2Q9BSE4 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.8 ms