Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC112Q8NEF3 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
CCDC112Q8NEF3 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC112Q8NEF3 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC112Q8NEF3 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC112Q8NEF3 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC112Q8NEF3 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC112Q8NEF3 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms