Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHHQ15465 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHHQ15465 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
SHHQ15465 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHHQ15465 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHHQ15465 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHHQ15465 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHHQ15465 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHHQ15465 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SHHQ15465 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SHHQ15465 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SHHQ15465 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
SHHQ15465 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
SHHQ15465 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
SHHQ15465 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
SHHQ15465 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHHQ15465 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHHQ15465 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHHQ15465 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHHQ15465 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHHQ15465 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHHQ15465 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHHQ15465 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
SHHQ15465 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHHQ15465 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHHQ15465 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHHQ15465 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHHQ15465 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHHQ15465 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
SHHQ15465 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHHQ15465 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHHQ15465 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHHQ15465 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHHQ15465 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHHQ15465 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
SHHQ15465 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHHQ15465 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHHQ15465 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
SHHQ15465 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHHQ15465 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHHQ15465 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHHQ15465 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
SHHQ15465 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHHQ15465 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
SHHQ15465 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHHQ15465 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHHQ15465 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHHQ15465 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHHQ15465 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHHQ15465 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHHQ15465 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHHQ15465 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHHQ15465 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHHQ15465 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHHQ15465 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHHQ15465 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHHQ15465 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHHQ15465 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHHQ15465 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
SHHQ15465 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHHQ15465 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHHQ15465 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHHQ15465 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHHQ15465 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHHQ15465 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHHQ15465 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHHQ15465 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHHQ15465 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHHQ15465 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHHQ15465 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
SHHQ15465 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHHQ15465 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHHQ15465 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SHHQ15465 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SHHQ15465 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
SHHQ15465 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHHQ15465 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHHQ15465 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
SHHQ15465 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHHQ15465 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHHQ15465 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHHQ15465 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHHQ15465 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHHQ15465 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHHQ15465 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
SHHQ15465 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
SHHQ15465 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHHQ15465 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHHQ15465 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHHQ15465 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHHQ15465 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHHQ15465 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHHQ15465 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHHQ15465 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHHQ15465 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHHQ15465 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHHQ15465 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHHQ15465 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHHQ15465 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHHQ15465 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
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