Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HDAC4P56524 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HDAC4P56524 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.8 ms