Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
MSH2P43246 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
MSH2P43246 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
MSH2P43246 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
MSH2P43246 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
MSH2P43246 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
MSH2P43246 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
MSH2P43246 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
MSH2P43246 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
MSH2P43246 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
MSH2P43246 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
MSH2P43246 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
MSH2P43246 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
MSH2P43246 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
MSH2P43246 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
MSH2P43246 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
MSH2P43246 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
MSH2P43246 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
MSH2P43246 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
MSH2P43246 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
MSH2P43246 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSH2P43246 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSH2P43246 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSH2P43246 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSH2P43246 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSH2P43246 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSH2P43246 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSH2P43246 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSH2P43246 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSH2P43246 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSH2P43246 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSH2P43246 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSH2P43246 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSH2P43246 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSH2P43246 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSH2P43246 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSH2P43246 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSH2P43246 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSH2P43246 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
MSH2P43246 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
MSH2P43246 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
MSH2P43246 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
MSH2P43246 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
MSH2P43246 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
MSH2P43246 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
MSH2P43246 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
MSH2P43246 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
MSH2P43246 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
MSH2P43246 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
MSH2P43246 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
MSH2P43246 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
MSH2P43246 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
MSH2P43246 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
MSH2P43246 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
MSH2P43246 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
MSH2P43246 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
MSH2P43246 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
MSH2P43246 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
MSH2P43246 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
MSH2P43246 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
MSH2P43246 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
MSH2P43246 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSH2P43246 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSH2P43246 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSH2P43246 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSH2P43246 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSH2P43246 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSH2P43246 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSH2P43246 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSH2P43246 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSH2P43246 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSH2P43246 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSH2P43246 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSH2P43246 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSH2P43246 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSH2P43246 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSH2P43246 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSH2P43246 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSH2P43246 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
MSH2P43246 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
MSH2P43246 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
MSH2P43246 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
MSH2P43246 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
MSH2P43246 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
MSH2P43246 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
MSH2P43246 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSH2P43246 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
MSH2P43246 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSH2P43246 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSH2P43246 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSH2P43246 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSH2P43246 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSH2P43246 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSH2P43246 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSH2P43246 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
MSH2P43246 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.36
MSH2P43246 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
MSH2P43246 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
MSH2P43246 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
MSH2P43246 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.3 ms