Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 MIR3147-201ENST00000577811 66 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 CHIA-206ENST00000430615 1320 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 DCAF17-211ENST00000539783 5623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 ARHGEF40-201ENST00000298694 5919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 CMA1-202ENST00000250378 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 CD1E-202ENST00000368155 696 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 CD1E-204ENST00000368157 399 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 LBH-202ENST00000401506 485 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 AC245100.5-201ENST00000452108 331 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 AC097103.2-206ENST00000514729 588 ntTSL 4 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 ZNF419-208ENST00000518999 746 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 RN7SL774P-201ENST00000577467 290 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 TMEM101-204ENST00000587529 965 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 MEF2C-227ENST00000626391 1182 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 MEF2C-231ENST00000628656 1254 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 RAPSN-202ENST00000352508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 PCNX3-201ENST00000355703 7105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 RBFOX2-201ENST00000262829 1538 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 AC060834.1-201ENST00000443027 2032 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 MYCN-202ENST00000638417 1693 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 GABBR1-205ENST00000377034 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 AC079178.1-201ENST00000420915 656 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 MSRA-203ENST00000441698 788 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 DNAJC27-AS1-207ENST00000451291 488 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 CFL1-214ENST00000534769 758 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 RNF41-210ENST00000552244 716 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 RN7SL555P-201ENST00000584742 339 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 LINC00116-203ENST00000611969 441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 KIAA1324L-207ENST00000444627 3527 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 CPT2-210ENST00000637252 2739 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 NDUFS2-201ENST00000367993 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 CHTF18-202ENST00000317063 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 AC010478.1-202ENST00000559112 2367 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 GIGYF1-201ENST00000275732 6530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 ZNF514-201ENST00000295208 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 C5orf30-201ENST00000319933 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 CHRNA7-207ENST00000635884 1975 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB45-202ENST00000594051 2541 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 IGHM-202ENST00000637539 1683 ntAPPRIS P5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 TXNRD2-214ENST00000491939 2238 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 LPAR5-202ENST00000431922 2695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 CPA1-201ENST00000011292 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 GYPC-201ENST00000259254 1246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 TMEM141-201ENST00000290079 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 SNX21-203ENST00000372541 771 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 FBXO44-203ENST00000376760 822 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 LINC01118-202ENST00000409912 1023 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 SAP30L-202ENST00000426761 777 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 NUP210P1-202ENST00000504322 710 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 WSPAR-201ENST00000513561 683 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 NME2-207ENST00000514264 850 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R32-205ENST00000538185 1107 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 AQP8-202ENST00000566125 1276 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 AP000439.4-201ENST00000567742 664 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 SMIM5-201ENST00000375215 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 RDM1-224ENST00000619262 1535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 RNASEH1-201ENST00000315212 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC9Q9Y3X0 ANXA6-202ENST00000377751 1430 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 TUBBP5-203ENST00000508529 1334 ntBASIC20.77■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ARL4C-202ENST00000390645 4013 ntAPPRIS P1 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 C7orf33-201ENST00000307003 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 CTCFL-215ENST00000608158 1984 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 SMPDL3A-201ENST00000368440 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 SCP2-213ENST00000528311 1896 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 88.4 ms