Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 DDX55-203ENST00000421670 1574 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 RNPS1-220ENST00000566458 2037 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AC008770.3-201ENST00000590798 1562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 HSPA4L-204ENST00000508776 3020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 PGR-210ENST00000619228 3038 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SNAP91-205ENST00000439399 4452 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 COX6B2-201ENST00000326529 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AC136759.1-203ENST00000527477 2196 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 HDAC8-209ENST00000373589 1740 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 HMOX2-205ENST00000458134 1797 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 CIDEA-201ENST00000320477 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 CKS1B-202ENST00000368436 820 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 CYB561D1-202ENST00000369868 1085 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 RAC2-204ENST00000406508 893 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AC104794.3-201ENST00000566840 1248 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 5S_rRNA.22-201ENST00000614916 106 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 ASNS-201ENST00000175506 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 TMED1-201ENST00000214869 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF28-211ENST00000512883 2936 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 HERPUD1-201ENST00000300302 1862 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 CASP2-201ENST00000310447 4225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 DEK-201ENST00000244776 1441 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 ATG10-202ENST00000355178 1438 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 DGAT1-206ENST00000528718 3711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP45-212ENST00000590577 3218 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 CRYM-201ENST00000219599 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 CRY2-201ENST00000417225 2053 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 CDPF1-204ENST00000404744 1541 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 TYSND1-202ENST00000335494 3397 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 GP5-201ENST00000401815 3534 ntAPPRIS P1 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 FES-204ENST00000414248 2327 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 VGLL2-202ENST00000352536 1709 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 PUF60-208ENST00000526683 2412 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 PLCB1-201ENST00000338037 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AAMP-201ENST00000248450 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF1-219ENST00000599846 3393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AC087481.3-201ENST00000602886 1894 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 WDR6-222ENST00000615452 1949 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 MYB-242ENST00000618728 3545 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AC092384.3-202ENST00000564646 2873 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 CDH7-203ENST00000536984 3766 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 CCL25-201ENST00000253451 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 RASL12-203ENST00000434605 982 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 DUSP13-205ENST00000464872 684 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 TIMM17B-208ENST00000495490 939 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 RNA5SP421-201ENST00000516864 134 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 RAB26-202ENST00000541451 944 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AC012615.6-204ENST00000587741 477 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 DUSP13-212ENST00000605915 1015 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 ATE1-209ENST00000543447 4826 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AC013268.4-201ENST00000637413 2228 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SLC6A2-204ENST00000561820 2268 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 ACSM2B-207ENST00000565232 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 FDPS-202ENST00000368356 1431 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 BTBD7P1-201ENST00000447253 1453 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 C14orf79-205ENST00000549240 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 DDTL-201ENST00000215770 1545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 RAD51D-218ENST00000590016 1528 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 MYB-201ENST00000316528 3571 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 MYB-241ENST00000616088 3573 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 G6PD-203ENST00000393564 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SQSTM1-213ENST00000510187 1714 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 PPIL6-207ENST00000521072 4128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 CTNND2-214ENST00000511377 4336 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 DDOST-201ENST00000375048 2079 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 ABTB1-206ENST00000468137 2065 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 RTN4RL1-201ENST00000331238 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 HEY1-201ENST00000337919 2296 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 PDE4DIP-201ENST00000313431 5676 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 RBCK1-201ENST00000353660 2511 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SNAPC1-201ENST00000216294 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 B3GNT4-206ENST00000546192 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 CRAT-201ENST00000318080 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 MZF1-201ENST00000215057 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 STAT3-201ENST00000264657 5047 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 GDF6-201ENST00000287020 3701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 FLYWCH2-201ENST00000293981 915 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 MUC1-201ENST00000337604 859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AL136988.1-201ENST00000414640 1029 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 BAX-206ENST00000415969 540 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 BCRP1-201ENST00000444246 691 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 AP000721.1-201ENST00000535431 559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS54Q9P1Q0 NCAPH2-202ENST00000395698 1388 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.2 ms