Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 LRRC20-206ENST00000395011 2903 ntTSL 4 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CUX1P39880 OAS1-202ENST00000445409 1684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CUX1P39880 TUBA3D-201ENST00000321253 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CUX1P39880 AP000593.2-201ENST00000542775 1433 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
CUX1P39880 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 C6orf52-201ENST00000259983 619 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 C9orf116-205ENST00000429260 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 NME2-204ENST00000503064 749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 AC106794.1-201ENST00000506935 792 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 AC022616.1-201ENST00000518688 554 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 AC005324.6-201ENST00000587972 613 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 FAAP24-204ENST00000590179 784 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 ANGPTL8-204ENST00000616433 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 AL023803.2-201ENST00000620080 638 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 AC100757.4-201ENST00000626934 759 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 AL596087.1-201ENST00000400979 1969 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 CA12-203ENST00000422263 2556 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 NUP58-201ENST00000381718 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 TMBIM1-201ENST00000258412 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 GEMIN7-201ENST00000270257 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 SEC14L4-204ENST00000381982 1603 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 GFRA2-204ENST00000518077 1503 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 SLC38A5-213ENST00000620913 1993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 LHFPL3-201ENST00000401970 1378 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 ZNF385A-212ENST00000551109 2369 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 AC008443.1-201ENST00000511331 1000 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 C12orf73-211ENST00000553183 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 AC011498.6-201ENST00000592034 510 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 AC008763.2-203ENST00000595866 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CUX1P39880 CCDC40-202ENST00000374876 2010 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CUX1P39880 SPERT-204ENST00000610924 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CUX1P39880 CAAP1-206ENST00000625311 1532 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CUX1P39880 DNAJC19-201ENST00000382564 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CUX1P39880 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CUX1P39880 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CUX1P39880 SPECC1-203ENST00000395525 2536 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CUX1P39880 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CUX1P39880 SSR4-203ENST00000370086 643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CUX1P39880 FKBP1B-201ENST00000380986 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CUX1P39880 FAM177A1-202ENST00000382406 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CUX1P39880 BUD31-202ENST00000403633 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CUX1P39880 AL008707.1-201ENST00000422498 534 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
CUX1P39880 EFCAB10-201ENST00000460135 717 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CUX1P39880 AC005586.1-201ENST00000488310 577 ntTSL 4 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CUX1P39880 AC108134.4-201ENST00000570700 302 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CUX1P39880 SLFNL1-203ENST00000372611 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CUX1P39880 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
CUX1P39880 CD244-203ENST00000368034 2463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
CUX1P39880 LAP3-211ENST00000618908 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CUX1P39880 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CUX1P39880 ICAM3-201ENST00000160262 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CUX1P39880 IGHA2-202ENST00000497872 1320 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CUX1P39880 ARF5-201ENST00000000233 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CUX1P39880 TMEM40-201ENST00000264728 984 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CUX1P39880 NIF3L1-205ENST00000409588 1269 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CUX1P39880 AC234782.1-201ENST00000451950 919 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
CUX1P39880 ARMCX3-AS1-201ENST00000454228 490 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CUX1P39880 AC008267.1-201ENST00000474858 1069 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
CUX1P39880 TVP23B-202ENST00000476139 2989 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CUX1P39880 AL135838.1-202ENST00000556411 441 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CUX1P39880 EID1-202ENST00000560490 584 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CUX1P39880 CMTM3-215ENST00000568477 687 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CUX1P39880 INO80C-210ENST00000590757 595 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CUX1P39880 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CUX1P39880 AC004899.1-201ENST00000424687 1714 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
CUX1P39880 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CUX1P39880 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CUX1P39880 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CUX1P39880 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CUX1P39880 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CUX1P39880 BUD13-202ENST00000375445 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CUX1P39880 MPV17-201ENST00000233545 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CUX1P39880 MBD3L5-201ENST00000329753 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CUX1P39880 MRPL55-214ENST00000366741 603 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CUX1P39880 MRPL55-218ENST00000366747 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CUX1P39880 AL591684.1-201ENST00000434533 234 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CUX1P39880 AL136982.2-201ENST00000451760 234 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CUX1P39880 LYRM4-206ENST00000468929 1168 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CUX1P39880 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CUX1P39880 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CUX1P39880 CCDC140-201ENST00000295226 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CUX1P39880 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CUX1P39880 KIF1BP-214ENST00000638119 2537 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CUX1P39880 MBD4-204ENST00000503197 2099 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CUX1P39880 DEPDC7-202ENST00000311388 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CUX1P39880 PRPF3-201ENST00000324862 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CUX1P39880 TRIM39-205ENST00000396551 3249 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CUX1P39880 CLMAT3-201ENST00000510576 1973 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CUX1P39880 PRMT5-203ENST00000397440 1907 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CUX1P39880 GPS1-227ENST00000623761 1943 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CUX1P39880 LRP8-207ENST00000465675 2670 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CUX1P39880 DRC3-201ENST00000313838 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CUX1P39880 SPDEF-202ENST00000544425 1866 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CUX1P39880 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CUX1P39880 PEA15-203ENST00000368077 1021 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CUX1P39880 AIMP2-202ENST00000395236 860 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CUX1P39880 VAMP1-202ENST00000396308 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CUX1P39880 CMC1-204ENST00000423894 549 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49 ms