Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 UBA5-213ENST00000494238 2997 ntTSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 PPP1R21-201ENST00000281394 3137 ntTSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CELF4-202ENST00000361795 1853 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 HCST-201ENST00000246551 613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CCL25-203ENST00000390669 924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 HHEX-203ENST00000492654 808 ntTSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 DRAM1-202ENST00000544152 1048 ntTSL 2 BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CD63-208ENST00000549117 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MAX-210ENST00000555419 765 ntTSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC005520.2-201ENST00000556194 573 ntTSL 2 BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 TBC1D16-205ENST00000572862 1141 ntTSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 KCNC2-207ENST00000548513 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 UNC13A-202ENST00000519716 9838 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 IQCF5-AS1-201ENST00000440723 2000 ntTSL 2 BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 RIC8B-213ENST00000638198 1611 ntTSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MINDY1-202ENST00000361738 1961 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 ATRNL1-201ENST00000355044 8479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 EFR3B-203ENST00000402191 3685 ntTSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CLEC18A-209ENST00000615430 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CLEC18C-211ENST00000618957 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CLEC18B-205ENST00000619275 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 LMF2-202ENST00000474879 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 POR-218ENST00000461988 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 KCNJ12-201ENST00000331718 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 GRB7-205ENST00000445327 2197 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 IL6ST-209ENST00000502326 3007 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SURF4-202ENST00000371989 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 PRAF2-201ENST00000376386 801 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MXI1-205ENST00000393134 889 ntTSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 RTN4RL2-202ENST00000395120 582 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 PSMB8-203ENST00000395339 1025 ntTSL 3 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC098850.1-201ENST00000419919 790 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 TTTY23B-201ENST00000442790 549 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 KRT223P-202ENST00000449164 1292 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AL356441.1-201ENST00000452618 492 ntTSL 3 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC007389.4-201ENST00000454674 793 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC009407.1-201ENST00000568958 598 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 DMRTC2-201ENST00000269945 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CTSB-220ENST00000531089 1436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CYP4F24P-201ENST00000586049 1580 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SREBF1-201ENST00000261646 4178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 PLEKHN1-201ENST00000379407 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 WDR45-202ENST00000356463 1688 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC112504.1-201ENST00000623415 1841 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 C16orf58-201ENST00000327237 2793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SUPT20HL2-201ENST00000486479 2409 ntBASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 RDM1-227ENST00000619876 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.6□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 TCF25-201ENST00000263346 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CYP51A1-201ENST00000003100 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 PXMP4-202ENST00000344022 989 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AL450998.2-201ENST00000418525 639 ntTSL 3 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 DFFBP1-201ENST00000433250 979 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SSBP1-214ENST00000498107 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CCNC-209ENST00000520371 2186 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 KIFC3-205ENST00000540079 2781 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AL391069.4-201ENST00000609583 481 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AL033527.5-202ENST00000641632 1098 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 GRB2-201ENST00000316615 3181 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 ATP6V0E2-212ENST00000611515 2565 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 TFPI2-201ENST00000222543 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 PRAL-201ENST00000624952 3286 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 RAD51D-218ENST00000590016 1528 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SALL4-203ENST00000395997 1918 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MCF2L-232ENST00000535094 3752 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 LLGL2-201ENST00000167462 3480 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CACFD1-206ENST00000540581 2880 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SALL3-201ENST00000536229 3997 ntTSL 3 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CNGA4-201ENST00000379936 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AL136309.2-201ENST00000427049 2277 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
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